POPGENE中文使用说明.pdf

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1、PopGene使用说明翻译by：一路忘了哭用户快速指导POPGENE版本1.32物种遗传分析--基于微软windows的免费软件翻译by：一路忘了哭2008年10月24日星期五1PopGene使用说明翻译by：一路忘了哭一、POPGENE窗口概览该软件由C++语言书写。POPGENE窗口计算环境有两种类型：Datadisplaywindows（数据显示窗口）和Dialogboxes（对话框）.其窗口菜单包含八部分：File：用于建立新的数据文件或打开存在的文件Edit：用于从其他窗口修改和复制文本Search：寻找或

2、取代选择的文本Co-Dominant:用于通过用co-dominant标志去调用物种遗传分析Dominant：用于通过用dominant标志去调用物种遗传分析Quantitative：用于通过用量化特征去调用物种遗传分析Window：用于布置、选择和控制窗口分布Help：帮助，告诉你如何使用该软件在菜单栏下面有工具栏，可以快速容易的使用窗口的特色部分。底部有状态栏，它提供的信息包括光标位置和输入数据大小。二、POPGENE计算程序窗口概览POPGENE/Co-Dominant和Dominantmarkers两个对话框

3、：HaploidDataAnalysis和DiploidDataAnalysis。每个对话框里有3个等级的HierarchicalStructure：SinglePopulations,Groups和Multiplepopulations。SingleLocus和Multilocus遗传参数的评定通过选择一个或多个HierarchicalStructure核对框实现的。HAPLOIDDATAANALYSISGeneFrequency:从原始数据中判断每个locus的基因频率AlleleNumber:计数非零频率等位基

4、因的数量2PopGene使用说明翻译by：一路忘了哭EffectiveAlleleNumber:评价彼此的结合性PolymorphicLoci:不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比GeneDiversity：判断Nei’s(1973)基因多样性ShannonIndex:判断Shannon信息指数，以此作为基因多样性的程度2HomogeneityTest:构建双向相依表和进行(χ)和相似率(G2)测试F-Statistics:为Groups或MultiplePopulations判断Nei’s(1973)GS

5、T，以及GST和GCSGeneFlow:从GST或FST中的判断中来进一步判断基因流GeneticDistance:判断Nei’s(1972)遗传特性和遗传距离以及不偏遗传特性和遗传距离Dendrogram:用UPGMA做基于Nei’s遗传距离的树形图NeutralityTest:用Manly提出的算法，为临界稳定执行Ewens-Watterson测试2Two-locusLD:判断loci和χ测试之间的gameticdisequilibriaBrown:计算观察的和预想的K的momentsSmouse:编码常出现的等

6、位基因为1，假的等位基因为0.判断平均内在关系DIPLOIDDATAANALYSISGenotypicFrequency:从针对co-dominantmarkers的原始数据中判断每个locus的基因频率HWTest:在随机杂交的情况下，用Levence计算法则计算预想的遗传型频率，2并且执行基于Hardy-Weinberg平衡(χ)和相似率(G2)的测试，仅限于co-dominantmarkersFixationIndex:判断FIS作为异形接合体缺失或过多的判据AlleleFrequency:判断原始数据的基因频

7、率AlleleNumber:计数非零频率等位基因的数量EffectiveAlleleNumber:评价彼此的结合性PolymorphicLoci:不管等位基因频率，所有多种组合形态位置的百分比Obs.Homozygosity:判断给定locus观察到杂合子的比例，仅对于co-dominantmarkers3PopGene使用说明翻译by：一路忘了哭Exp.Homozygosity:判断随即杂交的情况下，预想杂合子的比例，仅对于co-dominantmarkersShannonIndex:判断Shannon信息指数，以

8、此作为基因多样性的程度2HomogeneityTest:构建双向相依表和进行(χ)和相似率(G2)测试，测试针对于Groups或者MultiplePopulationsF-Statistics:为Groups或MultiplePopulations判断F-statisticsGeneFlow:从GST或FST中的判断中来进一步判断基因流Gene