ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明

《ntsys-pc遗传多样性分析软件使用说明》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在应用文档-天天文库。

1、生物秀网上搜集！http://www.bbioo.comNTSYS-PC使用说明1数据的录入方法：1.1利用Ntedit直接录入数据0、1二元数据中的数据缺失记为2。其中列标可以写为样品编号，在No.rows栏中写入0、1数据总数，No.cols栏中写入样品总数。文件另存为*.nts格式。1.2从excel表中直接读入数据Excel表中输入数据格式如下图。A1必须为1，B1为0、1数据总数，C1为样品总数。打开Ntedit程序，选择从Excel表输入，结果见上图。文件另存为*.Nts格式1.3Ntsys-pc可以直接运行*.phy格

2、式的文件（由phylip和phytool产生）1.4DNA序列数据Ntsys-PC也可以分析，但好像用的人较少。建议大家使用phylip或者其他的软件。DNA序列数据在Excel中输入格式如下：生物秀网上搜集！http://www.bbioo.com1.5其他数据的Excel输入如下：2聚类分析Ntsys-pc2.02界面如下：以下以图中数据为例介绍聚类过程：2.1首先用similarity程序组中的SimQual计算形似系数矩阵。Coefficient通常选用SM或DICE，结果输出到另一文件生物秀网上搜集！http://www.

3、bbioo.com2.2以上步的结果作为inputfile利用Clustering程序组中的SHAN或者Njoin进行计算，聚类分法选用UPGMA，ties选用FIND，Maximumno.tiedtrees至少大于样品数。Njoin程序组界面如下，rootingmethod可以选用Outgroup，但需输入外元。2.3将SHAN或NJoin方法得到的treefile文件输入到Graphics程序组中的treeplot程序中计算生物秀网上搜集！http://www.bbioo.com得到树图如下利用options可以对树图进行描述与

4、处理.在此略去.2.4一致性分析：可以用Clustering中的consens程序进行，两个不同文件分别输入；同一文件中不同的进化树之间的分析，则只输入到inputtree1file即可。通常多选用MAJRUL方法生物秀网上搜集！http://www.bbioo.com2.5其他数据的聚类方法与此类似，在此不再赘述。