基于trnh—psba序列部分苔藓植物亲缘关系研究

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1、基于trnH—PsbA序列部分苔藓植物亲缘关系研究　　摘要：以毛地钱（Dumortierahirsuta）为外类群，利用ClustalX2.0和MEGA4.1软件对13种苔藓植物的trnH-PsbA基因序列进行比对和分析，构建分子系统树。结果表明，13种苔藓植物的trnH-PsbA序列长度为174～186bp，排序后总长度为191bp，其中变异位点51个，信息位点30个。遗传距离在0.006～0.200，平均遗传距离为0.103。利用非加权组平均数UPGMA（Unweightpairgroupmethodwithar

2、ithmeticmean）法建立的系统树显示，13种苔藓植物分为3组。在科间水平上，序列分析结果与形态学结果一致，trnH-PsbA序列对于苔藓植物的系统发育研究有一定的参考价值。关键词：苔藓；DNA条形码；trnH-PsbA；亲缘关系；系统发育分析中图分类号：Q78文献标识码：A文章编号：0439-8114（2013）20-5057-03ThePhylogeneticRelationshipofSomeBryophytesBasedontrnH-PsbAGeneLIUYing1，ZHANGAn-shi1，ZHAOL

3、i-xin2（1.DepartmentofBiology，JiaozuoTeachers9College，Jiaozuo454003，Henan，China；2.JiaozuoNationalForestyPlantofHenanProvince，Jiaozuo454191，Henan，China）Abstract：UsingDumortierahirsutaastheoutgroup，trnH-PsbAgenesbelongingto13bryophytespecieswereanalyzedandalignedt

4、oconstructthephylogenetictreesusingClustalX2.0andMEGA4.1softwares.TheresultsshowedthatthelengthoftrnH-PsbAgenein13bryophyteswerebetween174bpand186bp.Thetotallengthofsequencewas191bpafteralignment，including51variablesitesand30informativesites.Thegeneticdistancew

5、erebetween0.006and0.200，withtheaverageof0.103.13speciesintheUPGMAtree（Unweightpairgroupmethodwitharithmeticmeantree）wereclusteredintothreegroups.Theconstructedphylogenetictreesbasedonsequenceswereconsistentwiththeresultsbasedonmorphologyamongfamilies.Itisproved

6、thattrnH-PsbAsequenceisusefulforstudyingphylogeneticsofbryophytes.Keywords：bryophyte；DNAbarcoding；trnH-PsbA；phylogeneticrelationship；phylogenetic9developmentanalysis2003年，加拿大学者Hebert等[1]利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（CytochromeCoxidasesubunitⅠ，COI）中的一段650bp序列，发现该基因序列在动物界不同分类

7、水平上都具有良好的识别能力，从而提出了DNA条形码（DNAbarcoding）的概念，建立了一种新的物种鉴定技术[2]，为解决传统分类学面临的难题提供了新方法。由于线粒体COI基因在植物中的进化速率远慢于动物，因此，很多学者认为植物的条形码应从进化速率较快的叶绿体基因组中选择[3，4]。trnH-PsbA序列是进化速率最快的叶绿体间隔区之一，两端存在75bp的保守序列，便于引物的设计。作为植物DNA条形码的候选片段，trnH-PsbA序列具有引物通用性较好、扩增成功率较高[5-8]等特点，并且平均长度较短，有利于对降

8、解材料的扩增。本研究对13种苔藓植物的trnH-PsbA序列进行测序并分析，从DNA水平上探讨它们的亲缘关系，为苔藓植物系统发育研究、苔藓植物的数字化鉴定提供理论依据。1材料与方法1.1材料本试验材料除毛地钱（Dumortiera9hirsuta）（作为外类群，GenBank序列号：HQ026394.1）外，均采自河南省云台山世界地质公园（表1