its2和psba_trnh序列鉴别马鞭草科药用植物

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1、第37卷第8期Vol.37，Issue82012年4月April，2012ITS2和psbA-trnH序列鉴别马鞭草科药用植物11121*陈倩，刘义梅，刘震，陈士林，陈科力(1.中药资源和中药复方教育部重点实验室湖北中医药大学，湖北武汉430065;2.中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所，北京100193)［摘要］目的:评价几条热点DNA条形码候选序列对马鞭草科药用植物的鉴别能力。方法:选择psbA-trnH，rbcL，matK，ITS2和ITS序列进行评价，使用各序列的通用引物进行扩增和测序，用扩增及测序成功率，种内种间差异，barcod-ingg

2、ap，基于BLAST1和NearestDistance方法的鉴定成功率等指标来评价各序列的鉴定能力。结果:对马鞭草科32个种55个样本的序列分析发现，matK的扩增成功率太低，未纳入后续分析;ITS，ITS2，psbA-trnH以及rbcL的扩增及测序成功率分别为83.6%，83.6%，96.4%，98.2%，其鉴定成功率除rbcL为77.8%，75.9%外都为100%，但ITS2序列的种间，种内差异，barcodinggap较psbA-trnH，ITS有明显优势。ITS2序列进一步纳入网上163个样品的数据后其鉴定成功率依然可以达到89.5%，87.6%。

3、结论:考虑到psbA-trnH较高的测序成功率，ITS2和psbA-trnH是适合马鞭草科植物鉴别的一个较好DNA条形码序列组合。［关键词］DNA条形码;ITS2;ITS;rbcL;psba-trnH;马鞭草科马鞭草科植物全球共80余属，3000余种，分布trnH-psbA片段和核基因片段ITS作为植物DNA条［6］于热带和亚热带地区，我国有21属，175种31变种形码的补充条码。陈士林等通过分析超过660010变型，各地均有分布，主产于长江以南各地，许多个植物样本后，发现核基因组ITS2序列具有良好［1］［7］植物可供药用或观赏，少数作为木材使用。例如的扩

4、增成功率和物种水平的鉴定成功率。所以马鞭草为全球温带至热带分布的杂草，可供药用;海本研究中考察psbA-trnH，rbcL，matK，ITS2和ITS5条州常山别称臭梧桐，分布自日本经朝鲜、中国至菲律热点序列在马鞭草科9属32个药用物种55份样本宾北部，是一种灌木或小乔木，根、茎、叶及花入药，中的应用情况，以期找到适合马鞭草科的通用序列有祛风湿、清热利尿、止痛、平肝降压等功效。基于或者序列组合。传统分类及分子水平对本科各类群系统位置及进化1材料关系的探讨，一直为学术界所关注，各学者的看法不马鞭草科实验材料32个物种55份样品采自武［2-4］尽一致，也一直有新

5、想法被提出，故对其物种进汉、广州、云南等地，分别由广东省中药研究所中药行新方法的鉴定和分类研究具有十分重要的意义。标本园蔡岳文教授、中国科学院西双版纳热带植物［5］2003年加拿大动物学家Hebert首次正式提园肖春芳老师、湖北中医药大学药用植物教研室潘出了DNA条形码的概念，但在植物中一直未找到一宏林教授鉴定，凭证标本分别保存于这些标本馆，影条合适的通用序列，2009年，生命条形码联盟植物像资料保存于湖北中医药大学标本馆。实验材料见工作组已经决定将叶绿体rbcL和matK2个基因片表1。GenBank数据库(下载日期为2011年7月)段作为植物DNA标准条

6、形码的核心条形码，叶绿体下载的数据信息见表2。2方法2.1样品DNA的提取、PCR扩增和测序取经过［稿件编号］20111114015硅胶干燥的植物叶片约10mg，经液氮研磨后，使用［基金项目］国际科技合作项目(2007DFA30990);卫生行业科研植物DNA提取试剂盒(TiangenBiotechCo.，中国)专项(200802043)*提取总DNA。各候选序列的PCR反应条件、通用［通信作者］陈科力，Tel:(027)68890106，E-mail:kelichen@［7］126.com引物及扩增程序参考陈士林等的研究。PCR扩［作者简介］陈倩，硕士研究

7、生，研究方向中药资源及其品质研究，增产物经纯化后，使用ABI3730XL测序仪(Ap-E-mail:qqian87@126.compliedBiosystemsCo.，美国)进行双向测序。·1107·第37卷第8期Vol.37，Issue82012年4月April，2012表155个样本的采集地信息及GenBank登录号Table1ThecollectionsitesandGenBankaccessionof55samplesGenBank登录号中文名拉丁名采集地样品编号ITSITS2psbA-trnHrbcL苦郎树Clerodendruminerme广东省

8、中药研究所中药标本园CQ0601MT01JQ6183