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《黄、渤海春季刺参肠道及养殖池塘细菌菌群的多样性.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、第29卷第6期大连海洋大学学报Vol.29No.62014年12月JOURNALOFDALIANOCEANUNIVERSITYDec.2014DOI:10.3969/J.ISSN.2095-1388.2014.06.006文章编号:2095-1388(2014)06-0572-05黄、渤海春季刺参肠道及养殖池塘细菌菌群的多样性窦妍,丁君,王轶南,穆晓虎(大连海洋大学农业部北方海水增养殖重点实验室,辽宁大连116023)摘要:以黄海和渤海春季刺参养殖池塘的沉积物、海水和刺参Apostichopusjaponicus肠道内容物中的细菌
2、基因组DNA为模板,以细菌16SrDNA通用引物进行PCR扩增,构建16SrDNA文库并进行测序分析。结果表明:黄海和渤海养殖刺参肠道内容物、池塘沉积物和海水中共存在变形菌Proteobacteria、蓝细菌门Cy鄄anobacteria、放线菌门Actinobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes和厚壁菌门Firmicutes5个门类的细菌类群,其优势类群均为变形菌(变形菌比例>41%),且在文库所含变形菌的4个亚门(Alphaproteobacteria、Betap鄄roteobacteria、Gammaprote
3、obacteria、Deltaproteobacteria)中,除黄海春季刺参养殖池塘海水文库(YSp3)中琢-变形菌占优势外,其余5个文库均以酌-变形菌为优势亚门。关键词:刺参;16SrDNA文库;变形菌中图分类号:S917郾1摇摇摇摇文献标志码:A摇摇20世纪80年代以来,刺参Apostichopusjaponi鄄水、沉积物和刺参肠道内容物中细菌基因组为模cus的增养殖在中国北方沿海蓬勃开展,然而随着板,构建16SrDNA克隆文库,分析北方养殖刺参养殖产业的快速发展,刺参病害问题日益突出,成内外生境菌群的多样性以及黄、渤海刺参
4、养殖池塘[1]为制约该养殖产业持续发展的瓶颈。微生物在和刺参肠道中的菌群结构,旨在为构建中国北方刺养殖生态系统的物质循环和能量流动中发挥重要作参养殖池塘菌库提供重要依据。用,养殖生物与其有着密切的关系,常常是引起养1摇材料与方法殖对象致病的病原或条件致病性病原。研究表明,[2]细菌性疾病在刺参养殖中非常普遍,因此,对1郾1摇材料养殖环境中微生物多样性的研究具有重要意义。试验用刺参样品于2012年5月分别采集于黄自然界中绝大部分细菌不可培养,传统纯培养海、渤海养殖区某刺参养殖场。法只能培养出较少细菌种类,不能真实反映菌群结[3]1郾
5、2摇方法构。现代分子生物学方法为微生物多样性的研[9]究提供了有效手段,16SrDNA法不依赖于培养出1郾2郾1摇样品的采集摇样品的采集参照王轶南等的菌株,而是以样品中细菌的DNA为研究目标进的方法。黄海刺参肠道内容物、池塘沉积物、海水行克隆分析,从而能更真实地反映所检测样品的菌样品分别标记为YSp1、YSp2、YSp3;渤海刺参肠群结构及其多样性。国内外已有学者利用16SrD鄄道内容物、池塘沉积物、海水样品分别标记为[4]NA克隆文库法对细菌结构进行分析,李革雷等BSp1、BSp2、BSp3。研究了3种养殖模式水体中的细菌多样性
6、,Sekigu鄄1郾2郾2摇样品DNA的提取摇刺参肠道内容物、池塘[5]cui等研究了鄱阳湖湖口水体的菌群结构,Julian沉积物和海水样品中细菌DNA的提取参照王轶南等[6]分析了深海沉积物的菌群多样性,郑艳玲[9]等的方法。[7]等研究了崇明东滩夏冬两季沉积物中的菌群结1郾2郾3摇PCR扩增16SrDNA摇采用16SrDNA通用[8]构,丁君等检测了刺参消化道的细菌种类。本PCR引物27F(5忆AGAGTTTGATCCTGGCTCAG3忆)研究中,以中国北方黄海和渤海刺参养殖区的海和1492R(5忆GGTTACCTTGTTAC
7、GACTT3忆)对样摇收稿日期:2014-03-28摇基金项目:国家海洋公益项目(201105007-2);辽宁省教育厅优秀人才支持计划项目(LJQ2011073)摇作者简介:窦妍(1989—),女,硕士研究生。E-mail:yandou1989@126郾com摇通信作者:丁君(1973—),女,博士,研究员。E-mail:dingjun1119@dlou郾edu郾cn第6期窦妍,等:黄、渤海春季刺参肠道及养殖池塘细菌菌群的多样性573品DNA进行扩增。PCR反应体系(共25滋L):2伊2郾2摇多样性分析PowerTaqPCRMa
8、sterMix12郾5滋L,上、下游引物各1滋L,模板1滋L,用双蒸水补至25滋L。PCR6个克隆文库中的克隆序列经载体去除和嵌合反应程序:95益下预变性2min;94益下变性30体检测后,共得到540条有效克隆序列,所有序列s,52益下退火30s
