广藿香八氢番茄红素脱氢酶PcPDS1基因克隆和序列分析.pdf

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1、·2446·煎塾ineTraditionalandHerbalDrugs第44卷第l7期2013年9月●药材与资源●广藿香八氢番茄红素脱氢酶PcPDS1基因克隆和序列分析欧阳蒲月，沈笑飞，曾少华，王瑛，莫小路1．广东食品药品职业学院，广东广州5105202．中国科学院武汉植物园，湖北武汉4300743．中国科学院华南植物园，广东广州510650摘要：目的为阐明广藿香类胡萝卜素代谢途径，克隆了广藿香Pogostemoncablin八氢番茄红素脱氢酶(phytoenedesaturase，PDS)基因，并对其进行相关生物信息学分

2、析。方法搜索本课题组建立的广藿香转录组数据库，获得PDS基因全长序列，并设计全长引物进行PCR验证；利用生物信息学软件对PDS基因进行生物信息学分析。结果本研究获得的广藿香PDS基因命名为PcPDS1(GenBank登录号为KC854409)，该基因全长1960个碱基，编码569个氨基酸。基于生物信息软件分析了PcPDS1基因编码蛋白的理化特性。系统进化树分析结果表明，PcPDS1基因与黄龙胆G8ti“nlutea的PDS序列同源性最高，与烟草Nicotianatabacum、番薯Ipomoeabatatas次之，与自然进化

3、关系保持～致。结论成功克隆、分析了广藿香PcPDS1基因。关键词：广藿香；八氢番茄红素脱氢酶；PcPDS1基因；基因克隆；生物信息学分析中图分类号：R282．12文献标志码：A文章编号：0253—2670(2013)17—2446．07Doh10．7501／j．issn．0253—2670．2013．17．020CloningandsequenceanalysisofphytoenedesaturasegeneinPogostmencablinOUYANGPu—yue，SHENXiao．fei。，ZENGShao—hua，W

4、ANGYing，MOXiao．1u1．GuangdongFoodandDrugVocationalCollege，Guangzhou510520，China2．WuhanBotanicalGarden，ChineseAcademyofSciences，Wuhan430074，China3．SouthChinaBotanicalGarden，ChineseAcademyofSciences，Guangzhou510650，ChinaAbstract：ObjectiveInordertoelucidatethecarotenoi

5、dmetabolicpathwayinPogostemoncablin，aphytoenedesaturase(PDS)ofP．cablin(PcPDS1)genewasclonedandanalyzedbioinformatically．MethodsThefulllengthPDSgenesequencewasretrievedfromtranscriptomicdatabaseofP．cablin，thefulllengthprimerwasdesignedforPCRverification，andPcPDS1gen

6、ewasanalyzedusingseveralbioinformatica1softwares．ResultsPcPDS1fNCBIaccession．KC854409)contained1960bplengthofopenreadingflame(ORF)andencoded569aminoacidspostulated．Additionally,thephysicalandchemicalpropertiesofPcPDS1．codedproteinwereanalyzedbybioinformaticalsoftwa

7、res．PhylogeneticanalysisshowedthatPcPDS1wastightlyclusteredwithPDSgenesinGentianalutea，Nicotianatabacum，andIpomoeabatatas，whichisconsistenttothephylogeneticrelationshipofspecies．ConclusionPcPDS1issuccessfullycolonedandmolecularlycharacterized．Keywords：Pogostemoncab

8、lin(Blanco)Benth；phytoenedesaturase；PcPDS1gene；genecloning；bioinformaticalanalysis广藿香Pogostemoncablin(Blanco)Benth．为唇家，白宋代传入我国已有千余年历史[”，是藿香正形科刺蕊草