基于线粒体序列分析长江刀鲚胭脂鱼的遗传结构及鳀科亚口鱼科的系统进化.pdf

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1、GENETICSTRUCTUREOFCOILIAECTENESANDMⅣXOCYPRINUSASIATICUSINYANGTZERIVERANDPHYLOGENYoFENGRAULIDAEANDCATOSTOMIDAEFISHESBASEDONMITOCHONDRIALDNASEQUENCESByZhangLiliSupervisedbyProfessor：ChengQiqunADissertationSubmittedtoNanjingAgriculturalUniversityInPartial

2、FulfillmentoftheRequirementForMasterDegreeofScienceWuxiFisheryCollegeNanjingAgriculturalUniversityWuxi214081CompletedinNovember2011原创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明

3、。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者(需亲笔)签名：嗽丽丽≯I}年J2月10日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权南京农业大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密口，在一年解密后适用本授权书。本学位论文属于不保密留。(请在以上方框内打“√”)学位论文作者(需亲笔)签名：嗽

4、确厕20；1年J2．月I。日导师(需亲笔)签名：簪弛嚣娜年f2月／。日摘要基于线粒体序列分析长江刀鲚胭脂鱼的遗传结构及鲲科亚口鱼科的系统进化近些年来，由于过度捕捞、生态环境恶化、兴建大型水利工程等原因，刀鲚(Coiliaectenes)和胭脂鱼(Myxocyprinusasiaticus)的资源遭到严重破坏。物种的遗传多样性高低与其环境适应能力、种群维持力和进化潜力密切相关，因此研究遗传多样性对于物种保护、可持续利用等具有重要的理论意义和应用价值。本文以我国重要的经济鱼类一刀鲚和濒危鱼类一胭脂鱼为研

5、究对象，利用分子生物学和生物信息学方法对刀鲚的线粒体D．100p区序列和胭脂鱼的Cytb序列进行遗传进化分析，同时探讨了两种鱼所在的鲲科(Engraulidae)和亚12鱼科(Catostomidae)能J基因组结构特征、系统发育关系等。主要研究结果如下：1)对已知的10种鲲科鱼类的线粒体全基因组进行分析，分析序列的结构特征，检验蛋白质编码基因受到的选择压力，评估线粒体基因组不同区域包含的系统发育信息。发现鲲科线粒体基因组全序列长度在16660bp到17069bp之间，基因组的结构和基因排列顺序与其

6、他硬骨鱼类一致。比对后获得一致序列长度为15704bp(不合D．100p)，其中变异位点5570个，占所有位点数的35．5％。在编码基因中，序列变异程度和Kimura双参数遗传距离最大的是ND6基因(分别是47．5％和0．276)，最小的是tRNA拼接序列(分别为18．7％和0．072)。基于Ka-Ks的Z检验和Tajima’SD检验表明蛋白质编码基因主要受到净化选择(即负选择，purifyingselection)的作用；其中12个蛋白质编码基因(ND6除外)有强烈的净化选择(Ka／Ks<1)，而

7、ND6基因受正选择(positiveselection)影响较大(Ka／Ks>1)。ND4、ND2和Cytb是进行鲲科鱼类系统发育分析的较为理想的分子标记。2)对长江口5个地理群体(P1．P5)61个刀鲚样本的线粒体DNA控制区序列进行遗传多样性分析。结果如下：获得刀鲚控制区1214bp．1290bp序列，具有长度异质性特征。61份样本共检测到47个单倍型．5个群体具有高的单倍型多样性(Hd=0．967)和低的核苷酸多样性(P／=0．595％)。群体问的分化指数在0．00097到0．09932之间；

8、K2．P遗传距离在0．000到0．009之间，分子方差分析显示只有4．21％的遗传变异来自于群体之间。核苷酸不配对分布及中性检验均表明长江口刀鲚没有发生过种群扩张事件。以上结果说明，长江口刀鲚具有比较丰富的遗传多样性，但是5个群体之间没有基于线粒体序列分析长江刀鲚胭脂鱼的遗传结构及鲲科亚口鱼科的系统进化形成明显的地理分化，可能还是一个随机交配的群体。3)测定了3尾中国胭脂鱼的细胞色素b基因序列，并结合GenBank上5条亚口鱼科鱼类的相应序列一并进行分析。共获得3尾胭