利用高通量测序技术分析IHHNV感染凡纳滨对虾的基因差异表达.pdf

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1、南方农业学报JOURNALOFSOUTHERNAGRICULTURE2013，44(11)：1899—1903ISSN2095-1191；CODENNNXAABhttp：／[www．nfnyxb．cnDOI：10．3969／j：issn．2095-1191．2013．11．1899利用高通量测序技术分析IHHNV感染凡纳滨对虾的基因差异表达曾地刚，陈秀荔，谢达祥，赵永贞，黎铭，陈晓汉4(广西水产科学研究院，南宁530021)摘要：【目的】研究传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectioushypodermalandhematopoieticnecro

2、sisvirus，IHH—NV)感染凡纳滨对虾的基因差异表达，为进一步了解IHHNV与凡纳滨对虾的相互作用分子机制提供参考。【方法】采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序，测序获得的序列除去接头后用iAssembler软件进行拼接得至lJunigene(单一基因序列)，通过计算各unigene的转录本数目(RPKlVl)确定差异表达基因，并以实时荧光定量PCR验证基因的差异表达。【结果】采用454高通量测序技术对IHHNV感染和对照凡纳滨对虾进行转录组测序，共获得208690条短序列，序列拼接共得N21912条tmige

3、nes；通过对IHHNY感染和对照凡纳滨对虾的测序数据比较分析，结果发现221个差异表达基因，包括81个上调表达基因和140个下调表达基因。经实时荧光定量PCR验证，454高通量测序数据统计的基因表达差异结果可靠。【结论】IHHNV感染显著影响凡纳滨对虾免疫相关基因的表达，而利用高通量测序技术可有效检测出这些差异表达基因。关键词：凡纳滨对虾；IHHNV；差异表达基因；转录本数目(RPKM)；高通量测序技术中图分类号：$945．46文献标志码：A文章编号：2095—1191(2013)11-1899-05Analysisondifferentialgen

4、eexpressioninshrimpLitopenaeus’,annameiinducedby’HHNVinfectionnaDy1VCtlOnusin。g’HH州high—throughputsequencingZENGDi—gang，CHENXiu—li，XIEDa-xiang，ZHA0Yong—zhen，ⅡMing，CHENXiao—han+(GuangxiInstituteofFisheries，Nanning530021，China)Abstract：【Objective]Thedifierentialgeneexpressioninshr

5、impLitopenaeusvannameiinducedbyIHHNVinfectionWasstudiedinordertoDrovidereferencesforfurtherunderstandingthemolecularinteractionmechanismsofIHHNV—shrimpinteraetion，【Method】ThetranseriptomesoftheIHHNV—iufectedandcontrolLitopeuaeusvannameiweresequencedusingthe454high——throughputseq

6、uencingtechnology．AftertheremovalofadaptorsandsequenceassemblybyusingtheiAssemblersoftware，unigenes(uniquesequences)wereobtained．Differentiallyexpressedgenesweredeterminedbycal—culatingthetranscriptsofeachunigene(RPKM)，andwerevalidatedbyqRT—PCR．[Result]Thesequencingproducedatota

7、lof208．690shortsequences，andtheassemblygenerated21，912unigenes．ComparisonbetweenthesequencingdatafromIHHNV—infectedandcontrolLitopenaeusvannameirevealed221differentiallyexpressedgenes，including81up—regulatedgenesand140down—regulatedgenes．qRT—PeRvalidationverifiedthatthestatistic

8、algeneexpressionresultsfrom454high—throughputse