腺病毒7型河南分离株全基因序列测定及重组分析.pdf

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1、中国病原生物学杂志2014年9月第9卷第9期JournalofPathogenBiologySeptember2014，Vo1．9，No．9DOI腺：10．病1335毒0／j．cj7pb．型1409河09南分离·论著·株全基因序列测定及重组分析*黄学勇，王海霞，许玉玲，聂轶飞，许汴利～(河南省疾病预防控制中心传染病预防控制所，河南郑州450016)【摘要】目的了解腺病毒7型河南分离株(hAdV35／Henan／2010)全基因特征及与其他腺病毒之间的进化重组关系。方法设计39对全长引物，采用RT-PCR方法扩增河南分离株腺病毒全序列，用DNAsTAR中的SeqMan拼接全序，运用

2、BioEdit进行序列剪齐，运用Mega4．0分析基因组编码蛋白hexon、fiber、E4和penton区域氨基酸与核苷酸的同源性，并与其他腺病毒序列绘制进化树，运用Simplot软件进行序列重组分析。结果hAdV35／Henan／2010基因组全长35234bp，与其他腺病毒相比，基因组氨基酸和核苷酸同源性为68．0～99．8和46．5～99．5。不同编码区hexon、fiber、E4和penton的核苷酸同源性分别为72．4～95．4、74．1～97．0、55．7～92．7和69．9～99．3。进化树分析显示河南分离株与腺病毒7型疫苗株同属一支，与腺病毒3型进化分支最近，B

3、ootsacn分析显示与B亚属腺病毒在多个区域发生重组，尤其与腺病毒3在hexon区域高度重组。结论hAdV35／Henan／2010与B族腺病毒亲缘关系较近，与hAdV3在hexon区域存在重组。【关键词】腺病毒7型；基因进化树；重组分析【中图分类号】R373．1【文献标识码】A【文章编号】1673—5234(2014)09—0804—04[JournalofPathogenBiology．2014Sep；9(9)：804—807．]Genomiccharacteristicsandrecombinationanalysisofhumanadenovirustype7strai

4、nsisolatedfromHenanProvince，ChinaHUANGXue～yong，WANGHai—xia，XUYu—ling，NIEYi—fei，XUBian-li(HenanCenterforDiseaseControlAndPrevention，Zhengzhou450016，China)[Abstracc】ObjectiveTostudythegenomiccharacteristicsofhumanadenovirustype7(hAdV7)strainsisolatedfromHenanandtheevolutionandrecombinationofthe

5、sestrainswithotheradenovirusvirus．MethodsTheentiregenomesequencewasamplifiedusingreversetranslationpolymerasechainreaction(RT—PCR)with39pairsofprimers．Se—quencesweresplicedusingthebiologicalsoftwareSeqManfromDNAStarandsequenceswerealignedusingBioedit．Theaminoacid(aa)andnucleotide(nu)homologyo

6、fthefiber，hexon，andE4regionswasanalyzedandphylogenetictreesoftheHenanstrainsandotheradenovirusstrainsweredrawnusingMega4．0andrecombinationwasanalyzedwithSimplot．ResultsThefulllengthofthehAdV35／Henan／2010genomewas35，234bp．Comparedtootheradenoviruses，theHenanstrainshadaasimilarityof68．0一99．8and

7、nusimilarityof46．5-99．5．Thenusimilarityofthehexonre—gionwas72．4一95．4，thatofthefiberregionwas74．1一97．0，thatoftheE4regionwas55．7一92．7Y0。andthatofthepentonregionwas69．9一99．3．PhylogenetieanalysisrevealedthattheHenanstrainsbelongedtothesameclus—te