DeCyder软件操作流程 2D-DIGE.doc

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1、DeCyder操作1.打开DeCyder快捷方式图标，输入用户名和密码，进入软件。2.导入数据图像（Batchloader）：点击Batchloader→在Importimagesto中建一个“Newproject”→Imageloader→Add→加入要导入的胶→Import（右上角按钮）这样就完成了胶的导入。3.DIA分析（DifferentialIn-gelAnalysis）凝胶内差异分析⑴：新建DIA，将上一步中导入的胶加入DIAFile→Createworkspace→选择Gel1→save→然后File→Createworkspace→选择Gel2→sav

2、e……直到把自己的胶全部加入⑵：系统自动找点：process→processGelImages→选择3000个点→OK，然后等待找点完成。⑶：用四个参数筛选找到的点①Maxslope从大到小排序，值越大说明点越不真实，应该过滤掉②MaxpreakHeight从小到大排序，值越小越不真实，应该过滤掉③Area从小到大排序，值越小越不真实，应该过滤掉④MaxVolume从小到大排序，值越小越不真实，应该过滤掉没一块胶都这样筛选完后，就可以进行下一步了。4.BVA（BiologicalVaviationAnalysis）生物学误差分析⑴：新建BVA：File→Createw

3、orkspace→打开文件→全选DIA中的胶→Add→Create⑵：在ExperimentDesignView中将BVAExpriment分组⑶：standard胶组（即Cy2）是默认的放在同一组，其它Cy3和Cy5胶被自动放在Unassigned文件夹中，应在最右上角栏中点击Add，输入Group名称（比如CK），然后点Add⑷这时在BVAExpriment第一栏中出现刚才新建的CK文件夹，打开Unassigned文件夹，在ExprimentalDesignview第二栏中选择CK的胶图，直接拖入第一栏的CK文件夹中，其它方法同上，这样就完成了胶图的分组。⑸打开B

4、VA中的图，点击BVA图标File→openworkspace→选择胶图中最好的作为Master胶→在左上角的Master的选择框中点击选择⑹然后匹配胶图，process→Match即可。