蛋白质编码序列的特征值对蛋白质折叠速率的影响.pdf

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1、蛋白质编码序列的特征值对蛋白质折叠速率的影响Effectofthecharacteristicvaluesofproteincodingsequencesonproteinfoldingrates李欣颖大连交通大学DALIANJIAOTONGUNIVERSITY分类号：学校代号：10150UDC：密级：学号：20122310硕士学位论文蛋白质编码序列的特征值对蛋白质折叠速率的影响Effectofthecharacteristicvaluesofproteincodingsequencesonproteinfoldingrates学生姓名：李欣颖导师及职称：白凤兰教授学科门

2、类：理学专业名称：应用数学研究方向：计算分子生物学申请学位级别：硕士论文答辩日期：学位授予单位：大连交通大学大连交通大学学位论文独创性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢及参考文献的地方外，论文中不包含他人或集体已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得大连交通大学或其他教言机构的学#或证名而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。本人完全意识到本声明的法律效力，申请学位论文与资料若有不实之处，由本人承担一切相关责任。学位论文作者签名：大连交通

3、大学学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解大连交通大学有关保护知识产招及保留、使用学位论文的规定，即：研究生在校攻读学位期间论文工作的知识产权单位属大连交通大学，本人保证毕业离校后，发表或使用论文工作成果时署名单位仍然为大连交通大学。学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件及其电子文档，允许论文被查阅和借阅。本人授权大连交通大学可以将本学位论女的全部或部分由寇编入学校有关数据库和收录到《中国博士学位论文全文数据库》、《中国优秀硕士学位论文全文数据库》进行信息服务，也可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存或汇编本学位论文。(保密的学位论文在解密后应遵守此规定

4、）学位论文作者签名:导师签名：摘要摘要蛋白质折叠对蛋白质的功能起着重要作用。只有蛋白质折叠成为正确的天然结构，才能完成蛋白质的功能。蛋白质正常的折叠能使生物的各项机能正常的运行。如果蛋白质进行了错误的折叠，就会使生物体的机能改变，以至于会导致某些疾病。近年来，蛋白质折叠速率的预测研究受到越来越多的研究者青睐，因此探究影响蛋白质折叠速率的因素就显得十分重要。影响蛋白质折叠速率的因素有很多，蛋白质的不同类别和形态对折叠速率的影响也不同。本文根据蛋白质中的一些特征值对折叠速率的影响进行了相关研究，主要工作包括以下两个方面：1、根据蛋白质的性质把蛋白质分为全α类蛋白质，全β类蛋白

5、质和混合类蛋白质，以及未分类蛋白质。根据氨基酸分子在蛋白质中的作用，从物理化学性质中选取对它们有效的特征值，计算出这些特征值的参数和在蛋白质序列中氨基酸的平均属性。利用多元线性回归和Jackknife检验方法，分析不同类别蛋白质的折叠速率在实验值与预测值之间的相似性。利用该方法分析了混合特征值与蛋白质折叠速率之间的相关性，得到了较好的结果。2、由于蛋白质的二态和多态的折叠机制有很大的差别，因此把蛋白质分为二态和多态进行分析研究。选取了65个氨基酸序列的蛋白质，通过计算获取平均远距离接触NL和序列的复杂度ܮܼ௖，并进行多元线性回归分析。用Jackknife方法检验，得出相关

6、系数R和T值。经过实验得出平均远距离接触NL和序列的复杂度ܮܼ௖对二态和多态的蛋白质有一定的影响。关键词：蛋白质折叠速率；氨基酸；多元线性回归；Jackknife方法检验I大连交通大学理学硕士学位论文AbstractProteinfoldingplaysanimportantroleinbiology.Onlywhenproteinsfoldintothenaturalstructureoftheright,theycancompletethefunctionoftheprotein.Proteinfoldingcanmakethenormalbiologicalfunc

7、tionoperatingnormally.Whentheproteinfoldingiswrong,itwillcausethebiologicalfunctiondisorderandevencausesomediseases.Inrecentyears,thestudyofproteinfoldingratepredictionhasattractedmoreandmoreresearchersofallages,soitisveryimportanttostudythefactorsthatinfluenceprote