基于多特征参数融合对蛋白质折叠速率预测的研究.pdf

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1、基于多特征参数融合对蛋白质折叠速率预测的研究Predictionofproteinfoldingratesbasedonmultifeaturefusionparameters单明明大连交通大学DALIANJIAOTONGUNIVERSITY分类号：学校代号：10150UDC：密级：学号：20122307硕士学位论文基于多特征参数融合对蛋白质折叠速率预测的研究Predictionofproteinfoldingratesbasedonmultifeaturefusionparameters学生姓名：单萌萌导师及职称：白凤兰教授学科门类：理学专业名称：应用数学研究方向：计算

2、分子生物学申请学位级别：硕士论文答辩日期：学位授予单位：大连交通大学大连交通大学学位论文独创性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢及参考文献的地方外，论文中不包含他人或集体已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得大连交通大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。本人完全意识到本声明的法律效力，申请学位论文与资料若有不实之处，由本人承担一切相关责任。学位论文作者签名：大连交通大学学位论文版权使用授权书本学位论文作者

3、完全了解大连交通大学有关保护知识产权及保留、使用学位论文的规定，即：研究生在校攻读学位期间论文工作的知识产权单位属大连交通大学，本人保证毕业离校后，发表或使用论文工作成果时署名单位仍然为大连交通大学。学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件及其电子文档，允许论文被查阅和借阅。本人授权大连交通大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入学校有关数据库和收录到《中国博士学位论文全文数据库》、《中国优秀硕士学位论文全文数据库》进行信息服务，也可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存或汇编本学位论文。(保密的学位论文在解密后应遵守此规定）学位论文作者签*:货•為城則f签名：合

4、视X曰期:年月曰曰期:年月曰摘要摘要蛋白质可以凭借相互作用在细胞环境下从不稳定的变性状态转变到定性状态,这个转变过程被称为蛋白质折叠。蛋白质要想执行其生物学功能就需要按照预定的结构进行折叠。因此，研究蛋白质正确的折叠机制已经成为一个当今生物学研究的核心课题，不但在科学研究上有举足轻重的地位，而且实际应用上更是有极大的现实价值。例如医学及生物工程领域。蛋白质折叠速率的影响因素的确定，对于深入探索蛋白质折叠机制与原理具有重要价值。近年来，许多科研工作者提出了影响蛋白质折叠速率的多种特征参数和基于这些特征参数的蛋白质折叠速率预测方法。本文提出了两种蛋白质折叠速率预测方法，主要工

5、作如下：以chou等人提出的伪氨酸组成方法为基础，从蛋白质序列的氨基酸组成信息和顺序信息着手，对伪氨酸的组成给出一种新的定义方式，即利用新伪氨酸序列的自相关函数、氨基酸的平均中程接触和氨基酸频率构造了23维向量来描述蛋白质序列。进而建立多元线性回归函数对蛋白质折叠速率进行预测，经Jackknife检验相关系数达到了0.84。并与其他两种方法进行比较使本文的结论得到较好的验证。同时验证了提取的特征参数对蛋白质折叠速率有一定的影响。融合蛋白质序列组分信息、蛋白质序列的LZ复杂度、氨基酸极性自相关函数和氨基酸折射率自相关函数四种特征参数来描述蛋白质折叠进程。通过蛋白质的特征向量

6、与蛋白质折叠速率实验值之间建立多元线性回归函数，这种方法也获得了较好的蛋白质折叠速率预测值，运用Jackknife进行检验，这些特征参数与蛋白质的折叠速率之间表现出较为显著的线性关系，相关系数更是高达0.89，印证了本文所提出的特征参数对蛋白质折叠速率有一定的影响。关键词：蛋白质；氨基酸序列；折叠速率；混合特征参数；伪氨酸I大连交通大学理学硕士学位论文AbstractProteincanrelyontheinteractionassemblingtheirownfrominthecellularenvironmentfromanunstablestatetothestab

7、lestate.Theselfassemblingprocessiscalledproteinfolding.Onlycorrectlyfoldedproteinsintotheirnativestructuresinparticular,canItperformitsbiologicalfunction.Therefore,thecorrectunderstandingofthemechanismofproteinfoldingisacoresubjectofModernBiophysics,Itnotonlyhasimpo