实验二、琼脂糖凝胶电泳及DNA纯化-2.ppt

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1、实验二琼脂糖凝胶电泳及DNA的纯化一、实验目的1、掌握琼脂糖凝胶电泳分离DNA的原理和方法2、掌握回收试剂盒纯化DNA的方法DNA分子在碱性缓冲液中带负电荷，在外加电场作用下向正极泳动。DNA分子在琼脂糖凝胶中泳动时，有电荷效应与分子筛效应。不同DNA的分子量大小及构型不同，电泳时的泳动率就不同，从而分出不同的区带。二、实验原理琼脂糖是一种天然聚合长链状分子，可以形成具有刚性的滤孔，凝胶孔径的大小决定于琼脂糖的浓度。琼脂糖凝胶电泳法分离DNA，主要是利用分子筛效应，迁移速度与分子量的对数值成反比关系。因而就可依据DNA分子的大小使其分离。该过程可以通过把分子量标准参照物和样

2、品一起进行电泳而得到检测。溴化乙锭（EB）为扁平状分子，在紫外光照射下发射荧光。EB可与DNA分子形成EB-DNA复合物，其荧光强度与DNA的含量成正比。据此可粗略估计样品DNA浓度。注意事项：EB是有毒物质，切勿用手接触，更不要污染环境。实验过程中操作要保持安静、镇定，注意样品不能混样，三、实验材料、器具及药品电泳：实验一的PCR产物样品。电泳仪，电泳槽，电子天平，移液器，枪头，微波炉，紫外凝胶成像系统等。琼脂糖，1XTAE电泳缓冲液，溴化乙锭（EB），6X载样缓冲液纯化：回收试剂盒四、实验步骤⑴1g琼脂糖加入100ml1×TAE电泳缓冲液中，摇匀。在微波炉中加热至琼脂糖完全

3、溶解。⑵用胶带将制胶板两端封好，插入适当梳子，将溶解的琼脂糖（约50℃）倒入，室温冷却凝固。⑶将凝胶置入电泳槽中，加1×TAE电泳缓冲液至液面覆盖凝胶1-2mm，小心垂直向上拔出梳子。⑷用移液器吸取PCR产物样品4μl于封口膜上，再加入2μl的6X载样缓冲液，混匀后，小心加入点样孔。⑸打开电源开关，调节电压至3-5V/cm，可见到溴酚蓝条带由负极向正极移动，电泳约30min-60min。⑺将染色后的凝胶置于紫外凝胶成像系统上，盖上防护观察罩，打开紫外灯，可见到发出荧光的DNA条带。⑹将凝胶放入EB染液中染色5-10min,用清水稍微漂洗。配制多大浓度的琼脂糖凝胶，要根据被检的D

4、NA分子大小来确定。琼脂糖凝胶浓度与线性DNA分辨范围常用的电泳缓冲液4℃保存备用.Ⅰ0.25%溴酚蓝，0.25%二甲苯青，40%蔗糖水溶液Ⅱ0.25%溴酚蓝，0.25%二甲苯青，30%甘油水溶液常用的6X载样缓冲液7、用干净的刀片切出所需DNA条带，注意要在长波长（≥300nm）UV灯下操作，并快速操作，以免损伤DNA。应尽可能多地去除琼脂糖凝胶。8、使用TAE缓冲液制作1％琼脂糖凝胶，然后对目的DNA进行琼脂糖凝胶电泳，在紫外灯下切出含有目的DNA的琼脂糖凝胶。称量胶块重量，计算胶块体积。计算胶块体积时，以1mg=1μL进行计算(100mg=100μL)。按照凝胶浓度，按下

5、表提供的参数加入相应3倍体积的NaI。均匀混合后55℃加热融化胶块。间断振荡混合，使胶块充分融化(约10分钟)。加入20微升的硅胶树脂，充分混匀后室温放置20分钟。注：硅胶树脂使用前，一定要将硅胶树脂液充分搅匀。6.离心（10，000rpm、1分钟）后除去上清液。注：此上清液在整个回收过程结束后，确认回收率较高时方可废弃。如果回收率较低时，可在此上清液中再次加入硅胶树脂液，重新吸附。7.在Microtube中加入800μL清洗液，振荡搅匀后室温静置10分钟，然后离心（10，000rpm、1分钟），除去上清液。注：请确认清洗液中已经加入指定体积的100%乙醇。重复操作7（不需要静

6、置10分钟）注：为提高DNA片段的回收效率，此时应尽量除净上清液（完全风干至不含残留的乙醇气味）9.加入和硅胶树脂等量（体积比）30μL的灭菌蒸馏水后搅匀，55℃水浴中放置10分钟。离心（10，000rpm、1分钟）后吸取上清液，尽量注意不要吸取硅胶树脂。此回收上清液即可为DNA回收溶液。几点注意事项加以说明：加样时枪头不要碰坏凝胶壁，否则DNA的带型将不会整齐，加样前要用枪头吸打凝胶孔中的溶液，以赶走样品孔中的气泡。应注意每孔最大上样容量及样品孔体积，以免加样时样品流入附近样品孔造成交叉污染，影响结果分析。在实验加样中不一定每一个样品都换一个枪头，可在阳极槽中反复吸打电泳缓冲

7、液以清洗。（对于Southern印迹转移和需要回收DNA片段的电泳，则应该每一个样品用一个枪头加样，避免样品交叉污染。）作业1、电泳检测实验一的PCR结果2、PCR产物的纯化3、实验结果分析