香鱼热休克蛋白HSP70基因的克隆及生物信息学分析【毕业设计】

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1、本科毕业设计（20__届）香鱼热休克蛋白HSP70基因的克隆及生物信息学分析21目录摘要ABSTRACT1引言12材料与方法12.1实验材料12.1.1香鱼12.1.2菌株和质粒12.1.3试剂和酶12.1.4仪器与设备12.2实验方法12.2.1香鱼肝脏总RNA的提取22.2.2逆转录合成cDNA22.2.3PCR扩增HSP70基因核心序列22.2.4PCR扩增产物的鉴定32.2.5测序52.2.6香鱼HSP70基因的生物信息学分析53结果与分析73.1香鱼HSP70基因cDNA片段的克隆73.2香鱼HSP70基因核苷酸序列比对103.3香鱼HSP70

2、基因编码的氨基酸序列多重比对103.4香鱼HSP70蛋白的特征分析153.5香鱼HSP70蛋白二级结构分析153.6香鱼HSP70蛋白三维结构分析163.7PaHSP70基因系统进化树分析174结论18致谢19参考文献2021摘要：热休克蛋白70（Heatshockprotein70，HSP70）是一组在结构上高度保守的多肽，广泛存在于自然界原核、真核细胞中，参与细胞的损伤与修复。本实验以香鱼肝组织为实验材料，提取香鱼肝组织的总RNA，根据Genbank上HSP70同源基因序列，设计并合成引物，使用PCR扩增的方法，克隆得到了香鱼的HSP70基因的核心片

3、段序列，命名为paHSP70。该基因大小为1961bp，包括完整ORF框，编码651个氨基酸和一个终止子。预测paHSP70蛋白的分子量大小为71.22kDa，等电点pI=5.16。通过比对与生物信息学分析发现，paHSP70蛋白与其他鱼类HSP70蛋白同源性很高，因此认为该基因属于HSP70基因家族。构建paHSP70基因系统进化树，体现了鲑科种间的亲缘关系与进化差异。关键词：HSP70；香鱼；生物信息学分析Abstract：HeatShockProtein70isagroupofpeptideswhichhighlyconservedinthestr

4、ucture,widelyfoundinprokaryoticandeukaryoticcells.HSP70alsoplaysanimportantroleincellinjuryandrepair.Inthisresearch,Plecoglossusaltiveliswastakenastheexperimentmaterial,andisolatedthetotalRNAfromliver.PairsofprimersweredesignedandsynthesizedaccordingtothehomologousgenesofHSP70int

5、heGenbank.TheORFsequenceofHSP70genefromPlecoglossusaltiveliswasgotbyusingPCRtechniqueandnamedpaHSP70.Thegenewas1961bpincludingaintegrateORFwhichencodesa651aminoacidsproteinandaterminalcoden.ThemolecularweightofpaHSP70proteinwasabout71.22kDa,andtheisoelectricpointpI=5.16.Alignedan

6、dbioinformationanalysisrevealedthatthepaHSP70proteinhadintensivehomologywithotherfishHSP70proteins,indicatingthatthepaHSP70proteinbelongstothememberofHSP70genefamily.AphylogenetictreeofpaHSP70genereflectedsomeofmonocotyledonanddicotyledonrelationshipandthedifferenceoftheevolution

7、.Keywords:HSP70;Solanumtuberosum;Bioinformaticalanalysis211引言香鱼（Plecoglossusaltivelis）属于香鱼科(Plecoglossidae），有些学者并入鲑科(Salmonidae)，为味香美的河鱼。其常见于日本及台湾，上溯于清澈的河水中产卵。体淡黄或橄榄色，长约30公分(1尺)，外貌颇似小鱒[1]。因为香鱼其肉醇厚，肉质细嫩味美并有殊香，犹如从香水中捞出来一般，并无其他鱼腥味，所以评价很高，有“淡水鱼之王”的美誉[2]。近二十年来，由于受外界环境的影响，野生资源量急剧减少，作为具

8、有高经济价值的新兴养殖品种，日益受到人们的关注。热休克蛋白70（heatshoc