大黄鱼α-肌动蛋白基因克隆与序列分析【毕业设计】

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1、本科毕业设计（20__届）大黄鱼α-肌动蛋白基因克隆与序列分析目录引言11材料与方法21.1材料21.1.1实验材料21.1.2实验试剂21.1.3实验仪器21.2方法21.2.1质粒提取31.2.2EST测序31.2.3设计引物测通全长32结果32.1序列测定32.2生物信息学分析52.2.1大黄鱼α-肌动蛋白基因序列物种的同源性比较52.2.2进化树52.2.3蛋白质结构分析62.2.3.1一级结构预测62.2.3.2二级结构预测72.2.3.3三维结构预测83讨论84小结9致谢11参考文献12摘要：目的：为了得到α-肌动蛋白基因全长序列，探讨该基

2、因与其他物种α-肌动蛋白基因序列的同源性和与其他物种的亲缘关系，搞清α-肌动蛋白结构。从分子水平出发研究，为大黄鱼资源保护和种质改良提供了参考资料。方法：本实验以大黄鱼骨骼肌cDNA文库为材料，通过EST测序方法获得α-肌动蛋白基因片段，经Blast在Genbank上确定，然后拼接得到α-肌动蛋白基因全长序列。在NCBI网站上用Blast对序列进行同源性分析，并用MEGA4.1软件构建了系统进化树。结果与讨论：α-肌动蛋白普遍存在于真核生物中，是一中高度保守的基因。大黄鱼α-肌动蛋白与金头鲷，三刺鱼，非洲鲫鱼，青鳉，多线鱼，大西洋鲭鱼同源性比较显示，大

3、黄鱼与大西洋鲭鱼同源性为78%，与其他几种都为85%。大黄鱼编码的α-肌动蛋白核苷酸序列与金头鲷，三刺鱼，非洲鲫鱼，青鳉，多线鱼，大西洋鲭鱼，黑鼠，褐鼠，人构建的进化树中，大黄鱼与金头鲷的亲源关系最近。最后，通过EXPASY分析其氨基酸序列来确定蛋白质一级结构，二级结构和三维结构。关键词：大黄鱼；骨骼肌α-肌动蛋白；表达序列标签（EST）测序Abstract:Study:Inordertoobtainα-actinFull-lengthsequenceofgenes,whichisfromPseudosciaenacrocea,Todiscussion

4、thegenesofα-actingenesequencehomologyandphylogeneticrelationshipwithotherspecies,tofindoutα-actinstructure.Startingfromthemolecularlevelstudy,itcanprovideareferencethatresourceprotectionandgermplasmimprovementforPseudosciaenacrocea.Method:Inthisexperiment,Pseudosciaenacroceaskel

5、etalmusclecDNAlibraryasthematerials,wewouldhaveα-actingenefragmentbyPseudosciaenacroceawhichwasidentifiedinGenbankbyBlast,thenextstepcouldobtainα-actincDNAsequenceofthegenesbysplicing.ThesequencehomologyanalysiswithBlastattheNCBIwebsite.andconstructedphylogenetictreewiththeMEGA2

6、software.Resultsanddiscussion:α-actingenerallyexistsineukaryotes,itisagenewhichishighlyconserved.ComparedPseudosciaenacroceaα-actingenewiththeSparusaurata，Gasterosteusaculeatus，Tilapiamossambica，Oryziaslatipes，Pleurogrammusazonus，Scomberscombrus,homologyofPseudosciaenacroceaandS

7、comberscombrusreach78%,andwiththeotheris85%.InthethephylogenetictreeofPseudosciaenacroceaencodingα-actinandSparusaurata，Gasterosteusaculeatus，Tilapiamossambica，Oryziaslatipes，Pleurogrammusazonus，Scomberscombrus,Rattusrattus,Rattusnorvegicus,Homosapiens.RelationshipofPseudosciaen

8、acroceaandSparusaurataistheclosest.Finally,EXPA