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时间:2017-08-08
《大黄鱼α-肌动蛋白基因克隆与序列分析【毕业设计】》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在学术论文-天天文库。
1、本科毕业设计(20__届)大黄鱼α-肌动蛋白基因克隆与序列分析目录引言11材料与方法21.1材料21.1.1实验材料21.1.2实验试剂21.1.3实验仪器21.2方法21.2.1质粒提取31.2.2EST测序31.2.3设计引物测通全长32结果32.1序列测定32.2生物信息学分析52.2.1大黄鱼α-肌动蛋白基因序列物种的同源性比较52.2.2进化树52.2.3蛋白质结构分析62.2.3.1一级结构预测62.2.3.2二级结构预测72.2.3.3三维结构预测83讨论84小结9致谢11参考文献12摘要:目的:为了得到α-肌动蛋白基因全长序列,探讨该基
2、因与其他物种α-肌动蛋白基因序列的同源性和与其他物种的亲缘关系,搞清α-肌动蛋白结构。从分子水平出发研究,为大黄鱼资源保护和种质改良提供了参考资料。方法:本实验以大黄鱼骨骼肌cDNA文库为材料,通过EST测序方法获得α-肌动蛋白基因片段,经Blast在Genbank上确定,然后拼接得到α-肌动蛋白基因全长序列。在NCBI网站上用Blast对序列进行同源性分析,并用MEGA4.1软件构建了系统进化树。结果与讨论:α-肌动蛋白普遍存在于真核生物中,是一中高度保守的基因。大黄鱼α-肌动蛋白与金头鲷,三刺鱼,非洲鲫鱼,青鳉,多线鱼,大西洋鲭鱼同源性比较显示,大
3、黄鱼与大西洋鲭鱼同源性为78%,与其他几种都为85%。大黄鱼编码的α-肌动蛋白核苷酸序列与金头鲷,三刺鱼,非洲鲫鱼,青鳉,多线鱼,大西洋鲭鱼,黑鼠,褐鼠,人构建的进化树中,大黄鱼与金头鲷的亲源关系最近。最后,通过EXPASY分析其氨基酸序列来确定蛋白质一级结构,二级结构和三维结构。关键词:大黄鱼;骨骼肌α-肌动蛋白;表达序列标签(EST)测序Abstract:Study:Inordertoobtainα-actinFull-lengthsequenceofgenes,whichisfromPseudosciaenacrocea,Todiscussion
4、thegenesofα-actingenesequencehomologyandphylogeneticrelationshipwithotherspecies,tofindoutα-actinstructure.Startingfromthemolecularlevelstudy,itcanprovideareferencethatresourceprotectionandgermplasmimprovementforPseudosciaenacrocea.Method:Inthisexperiment,Pseudosciaenacroceaskel
5、etalmusclecDNAlibraryasthematerials,wewouldhaveα-actingenefragmentbyPseudosciaenacroceawhichwasidentifiedinGenbankbyBlast,thenextstepcouldobtainα-actincDNAsequenceofthegenesbysplicing.ThesequencehomologyanalysiswithBlastattheNCBIwebsite.andconstructedphylogenetictreewiththeMEGA2
6、software.Resultsanddiscussion:α-actingenerallyexistsineukaryotes,itisagenewhichishighlyconserved.ComparedPseudosciaenacroceaα-actingenewiththeSparusaurata,Gasterosteusaculeatus,Tilapiamossambica,Oryziaslatipes,Pleurogrammusazonus,Scomberscombrus,homologyofPseudosciaenacroceaandS
7、comberscombrusreach78%,andwiththeotheris85%.InthethephylogenetictreeofPseudosciaenacroceaencodingα-actinandSparusaurata,Gasterosteusaculeatus,Tilapiamossambica,Oryziaslatipes,Pleurogrammusazonus,Scomberscombrus,Rattusrattus,Rattusnorvegicus,Homosapiens.RelationshipofPseudosciaen
8、acroceaandSparusaurataistheclosest.Finally,EXPA
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