应用SRAP分子标记研究粉花石斛的遗传多样性和居群结构

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1、报告人：吴劲松应用SRAP分子标记研究粉花石斛的遗传多样性和居群结构GeneticdiversityandpopulationstructureofanendangeredOrchid(DendrobiumloddigesiiRolfe)fromChinarevealedbySRAPmarkersIntroductionContents1Materialsandmethods2Rusults3Discussion4IntroductionGeneticdiversity（SRAP）DendrobiumloddigesiiRolfe(粉花石斛)基于制酶和PCR技

2、术RAPD（randomamplifiedpolymorphicDNA)SSR(SimpleSequenceRepeats)AFLP（amplifiedfragmentlengthpolymorphism）Molecularmarkers基于PCR技术SRAP(Sequence-relatedamplifiedpolymorphism)comparation：molecularmarkersADSDISADSRAPDasimplemethodtofingerprintgenomicDNApoorconsistencySSRhighconsistency,low

3、amount,co-dominantmarkersthedevelopmentoftheseisconsiderablyexpensiveandtime-consumingAFLPitshighPolymorphism,itscomplexity,pseudo-polymorphism(假阳性)SRAPsimplicity,reasonablethroughputrate,disclosenumerousco-dominantmarkersdifficulttodesignprimes扩增片段长度多态性（AＦＬＰ）基本原理：基因组DNA经两种限制性内切酶酶切，

4、形成分子量大小不等的随机限制性酶切片段，将特定的人工合成的短的双链接头连在这些片段的两端，形成一些带接头的特异片段，通过接头序列和PCR引物3ˊ端选择性碱基的识别，对特异性片段进行预扩增和选择性扩增。结果只有那些两端序列能与选择性碱基配对的限制性酶切片段才能被扩增；最后将选择性扩增产物在高分辨率的变性聚丙烯酰胺凝胶上电泳，寻找多态性扩增片段扩增片段长度多态性（AＦＬＰ）特点:1）非常高的基因型分析效率；2）不需要标记开发成本，但是需要优化特异引物及引物组合；3）不需要基因组DNA序列信息；4）AFLP分析只需要很少量的DNA；5）AFLP可应用于任何生物AFL

5、P植物基因组DNA的提取双酶切接头连接预扩增稀释选择性扩增变性聚丙烯酰胺凝胶电泳质量检测银染结果分析AFLP过程示意图制胶FirstintroducedbyLiandQuiros(2001)Aimattheamplificationofopenrendingframes(ORF)Thevalueofrevealinggeneticdiversitypower:SRAP>SSR>AFLP>RAPD（Appliedinmolecularidentification,geneticmapconstruction,genetagging...）SRAPDendrobi

6、umloddigesiiRolfeOrnament（观赏）valueTonic（药用）medicineTheriskofextinction:habitatdeteriorationhumanexploitationlowgermination（发芽率）rate——cross-pollinateslowgrowthMaterialsandmethodsPlantmaterialDNAextractionSRAPanalysisDataanalysis2.1Plantmaterial2.2DNAextraction30mgfreshleavesusingthem

7、odifiedcetyltrimethylammoniumbromide(CTAB)Qualitywereevaluatedbyelectrophoresison1.5%agarosegelsTheDNAwasstoredat−20C.2.21SRAPanalysisFifty-sixSRAPprimercombinations17=（10+4)+318=(11+4)+32.2117primercombinations2.21PCRreactionmixture25ultotalvolume：2.5ulbuffer,2.0mMMgCl2,200uMdNTPs,

8、forwardprimer0.4uM,