生物信息学NCBI的使用

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1、生物信息学-NCBI的使用..........................Blast是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。Blast是“局部相似性基本查询工具”(BasicLocalAlignmentSearchTool)的缩写。Blast简介Blast是一个序列相似性搜索的程序包，其中包含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。比如说查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程序。下表列出了主要的blast程序。

2、BLAST简介BLAST的用途对于全新序列或已知序列:寻找相似或同源序列，推测其结构特征（外显子、内含子、保守序列、非保守序列、所处的家族等）及潜在的功能关系。程序名查询序列数据库搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列Blastp蛋白质蛋白质蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序列Blastx核酸蛋白质核酸序列6框翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一搜索。Tblastn蛋白质核酸蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列6框翻译后的蛋白质序列逐一比对。TBlastx核酸核酸核酸序列6框翻译成蛋白质序

3、列，再和核酸数据库中的核酸序列6框翻译成的蛋白质序列逐一进行比对。BLAST程序NCBI-BLAST的介绍核苷酸-核苷酸序列比对蛋白质-蛋白质序列比对核酸序列翻译成蛋白质序列-蛋白质数据库中的序列比对蛋白质序列-核酸数据库翻译后的蛋白质序列比对核酸翻译成蛋白质序列-核酸数据库中的核酸译成的蛋白质序列比对常用的Blast工具在此进入蛋白质数据库搜索P03958序列开始蛋白质-蛋白质序列比对也可以选择tblastn按照工作要求,直接选择Blast方法序列输入方式第1个是”>”不能忘记！序列信息描述序列主体选择搜索区域，这里我

4、们要搜索整个序列，不填填入序列（copy＋paste）Fasta格式，或者纯序列选择搜索数据库，这里我们选nr(非冗余的蛋白序列库)。选择BLAST程序如果接受其他参数默认设置，点击开始搜索设置搜索的范围，选择特定物种，或者Entrez关键词与核酸相关的数据库与蛋白质相关的数据库最多显示100条序列E值上限10如果联配的统计显著性值(E值)小于该值(10)，则该联配将被检出，换句话说，比较低的阀值将使搜索的匹配要求更严格，结果报告中随机产生的匹配序列减少。Word长度打分矩阵，取默认对打分矩阵的调整详细参数设置空位罚分过

5、滤简单重复序列图形示意结果检索结果检索结果-匹配序列列表目标序列描述部分带有genbank的链接，点击可以进入相应的genbank序列进入相应的genbank序列物种来源Graphics结果E值为0，不可能随机匹配检索结果残基完全相同空位为0具体匹配情况谢谢