NCBI使用方法.pdf

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1、一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等作者�urbest2007-8-1苏州大学生命科学学院一步一步教你使用NCBI苏州大学生命科学学院医学遗传最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST进行序列比对……�这些问题在NCBI上都可以方便的找到答案。现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历�经验�跟大家交流一下BCBI的使用。希望大家都能发表自己的使用心得�让我们共同进步�我分以下

2、几个部分说一下NCBI的使用�Partone如何查找基因序列、mRNA、PromoterParttwo如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Partthree运用STS查找已经公布的引物序列Partfour如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主�将这个帖子置顶�从发帖到现在�很多战友对该帖给与了积极的关注�在此向给我投票的�以及想给我投票却暂时不能投票的�各位战友表示真诚的感谢�谢谢各位战友�请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。关于NCBI其他方面的使用也请水平较高

3、的战友给予补充Firstofall�还是让我们从查找基因序列开始。第一部分利用Mapviewer查找基因序列、mRNA序列、启动子�Promoter�下面以人的IL6�白细胞介素6�为例讲述一下具体的操作步骤1�打开Mapviewer页面�网址为�http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html在search的下拉菜单里选择物种�for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示�2�点击“GO”出现如下页面�2一步一步教你使用NCBI苏州大学生命科学学院医学

4、遗传3�在步骤二图示的右下角有一个QuickFilter,下面是让你选择的几个复选框�在Gene前面的小方框里打勾�然后点击Filter.出现下图�说明一下�1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个�是不同的部门做出来的�经我验证�序列有微小的差异�但总体来说基本相同。尽管你分别点击后�序列代码、序列代码等有所差异�但碱基基本一致�不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列�这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。

5、3一步一步教你使用NCBI苏州大学生命科学学院医学遗传4�点击上述三条序列第一条序列�即reference�对应的"Genesseq"�出现新的页面�页面下方为�5�点击上图出现的“Download/ViewSequence/Evidence”�即下载查看序列等功能�结果如图所示�先对上面这张图做点简要的说明�在SequenceFormat�序列输出格式�后面是一个下拉式选择菜单�默认的为FASTA格式�还有一个是GenBank格式。我推荐大家选择GenBnak格式�因为这个格式提供了很多该基因的

6、信息�而FASTA格式只有基因序列。6�在SequenceFormat后选择GenBank�然后点击下面的Display�目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示�网页较大�只抓取一小部分以作示范��4一步一步教你使用NCBI苏州大学生命科学学院医学遗传在上述打开的网页中�你可以看到基因长度�基因序列�以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。你会看到:mRNAjoin(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057,7803..8394)这代

7、表了从基因的3598位开始就是转录区了�即我们常说的mRNA片断�由于内含子的存在�所以mRNA在DNA序列上分成了几段。CDSjoin(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057,7803..7970)CDS代表编码序列�即蛋白编码区是从3660开始的�ATG��由于剪接作用所以CDS区也是不连续的。说到这里�可能很多朋友都已经明白了promoter即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句�转录起始位点前面是基因的调控区�启动子区没有明显的位置定义�大

8、家也只是猜测它的大体位置�如果你要研究promoter区的话�建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究�一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话�也可以只研究-1000到0这一千个碱基�因为一般情况下�启动子区的变异都在这个区域内。这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了�这种方法可能使用的人不是很多�但我个人比较喜欢�因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。希望大家可以发帖交流�让我们把NCBI用的更好�5一步一步教你使用NCBI苏州大学生命