在NCBI使用心得2-1

《在NCBI使用心得2-1》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、2008-3-900:13:26AM第三部分运用STS查找已经公布的引物序列STS，序列标签位点（SequenceTaggedSite）：一段短的DNA序列（200－500个碱基对），这种序列在染色体上只出现一次，其位置和碱基顺序都是已知的。在PCR反应中可以检测处STS来，STS适宜于作为人类基因组的一种地标，据此可以判定DNA的方向和特定序列的相对位置。以上内容基本是STS的定义，下面就介绍一下我个人用STS数据库查找引物的一点经验。还是使用以大鼠（rattusnorvegicus）的CTGF（结缔组织生长因子）为例。1．打开NCB

2、I主页，在Search后面的下拉菜单选择UniSTS，在FOR后面填写目的基因。操作完毕如图所示：点击GO以后出现以下页面：这是你会发现NCBI又提供了很多序列，下面我们还是要初步筛选我们需要的序列。2．根据物种、目的基因所在染色体的位置等选择相应序列（可能不只一个），如41和42是大鼠CTGF的引物序列。点击41。下面以点击第一个进入的画面为例。你会发现这个页面直接就给出了引物序列，PCR之后的片段长度也是给了的（91bp）。下面1492008-3-900:13:26AM还有很多相关的信息……点击42进入下一个页面，如下图：当我们选第

3、一页的序列3时，可见到如下：14102008-3-900:13:27AM3．点击GeneBankAccession后面的代码，进入下一个页面：上下游引物都呈现在眼前了，还有反应体系和反应条件！其中PrimerA是前引物序列，PrimerB则是后引物序列，并且给出了他们在DNA序列中的位置。有兴趣的朋友可以在序列中找一下，是可以找到的，不过要注意，PCR是双链扩增，在序列中可以直接找到的是PrimerA的原序列和PrimerB的互补序列。在步骤二里面我只点开了一个序列，继续打开其他的可能还会有对自己有用的引物，不过这要你自己慢慢发掘了。这

4、种寻找引物的方法有点投机取巧的味道，实用程度不是很高，但如果这里面恰好有你想P的片段的话，恭喜你，这些引物都是很成熟的引物，可以直接拿过来使用了。如果想寻找引物，大家可以查阅相关论文，已经报道的引物我们为什么不用呢？！既省时间，可靠性又强。如果这两种方法都不能找到你需要的引物的话，那就自己设计吧，建议使用Primer5和Oligo。引物设计的详细内容我在这里就不多说了。1411