蛋白质模拟与药物设计

《蛋白质模拟与药物设计》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。

1、商素琴重庆医科大学药学院蛋白质分子模拟与药物设计生物信息学蛋白质分子模拟与设计蛋白质结构解析方法:X-射线单晶衍射,NMR…2021/9/16生物信息学2RecombinantSomatostatin生长抑素2021/9/16生物技术制药——绪论3b-interferonb-interferonX-射线衍射原理按照确定方式在三维空间严格的周期性规则排列各种原子、分子或离子晶体点阵晶胞晶胞结构图αβγ晶胞X-射线单晶衍射图谱X-rayCrystallographyBasicSteps分离表达纯化结晶目标选择数据收集结构解析结构修正功能研究

2、PDB信息蛋白质和小分子的3D结构3W1M:克氏锥虫二氢乳清酸脱氢酶与5-溴乳清酸盐复合物的晶体结构PDB信息2021/9/1610黄素单核苷酸甘油六氨合钴5-溴乳清酸盐PDB信息2021/9/1611空间群晶胞参数NMR核磁共振（Nuclear Magnetic Resonance）目前对核磁共振谱的研究主要集中在1H和13C两类原子核的图谱2021/9/1612NMR2021/9/1613蛋白体视紫红质蛋白质分子模拟HomologyModeling同源模建是一个根据模板蛋白将一级序列转成3D结构的技术总称；利用已知的蛋白质三级结构为

3、参照，分析氨基酸序列相近的新蛋白的三级结构。比较权威的蛋白质同源模型构建的服务器是链接在ExPASy网站上的SwissModel考虑因素：蛋白同源性，波动性，关键位点差异2021/9/16生物信息学14软件InsightIISybyl免费软件Modeller是最经典的同源模建软件，对学术用户免费：http://salilab.org/modeller/swiss-model服务器也可以进行在线模建：http://swissmodel.expasy.org//SWISS-MODEL.html2021/9/16152021/9/16生物技术

4、制药——绪论16蛋白质分子设计蛋白质工程:运用蛋白质结构功能和分子遗传学知识,从改变或合成基因入手,定向地改造天然蛋白质或设计制造新的蛋白质蛋白质工程与基因工程的区别：基因工程是通过基因操作把外源基因转入适当的生物体内,并在其中进行表达,其产品还是该基因编码的天然蛋白质。蛋白质工程则更进一步根据分子设计的方案,通过对天然蛋白质的基因进行改造,来实现对其所编码蛋白质的改造,其产品经过改造的,具有了人类所需特点的蛋白质。Drugdiscovery:SuccessfulprocessMorethan10yearsMorethan$300mil

5、lionMorethan10000testedcompoundsForonedrug!蛋白质与药物设计I.ChooseadiseaseVI.MarketV.ClinicalTrialsIV.OptimizeleadIII.FindaleadcompoundII.ChooseadrugtargetDiscoveringandDevelopingthe‘OneDrug’2021/9/16生物信息学18Ligand-baseddrugdesign2D-QSAR(QuantitativeStructure-ActivityRelationshi

6、ps)HanschAnalysis2021/9/16生物信息学19log1/C=a(logP)2+blogP+cσ+dEs+k2021/9/1620先导化合物的产生天然生物活性物质以生物化学或药理学为基础的先导物以药物的副作用为先导物以药物合成的中间体作为先导物用普筛的方法发现先导物22CoMFAComparativeMolecularFieldAnalysisTheideaunderlyingaCoMFAisthatdifferencesinatargetpropertyareoftenrelatedtodifferencesinth

7、eshapesofthenon-covalentfieldssurroundingthetestedmolecules.Hypothesis:thetestedconformationistheconformationtobindwithreceptor.(low-energyconformation)232D→3D24ConformationSearchingConformationVariationEnergyStableConformation25superposition2021/9/162627BoxandGrid2829Pr

8、obeAtomorGroupelectronicatom,ionormoleculewithcertainvolumeH2OWater,theHydrophobicProbeH+Electrostatici