《蛋白结构数据库》PPT课件

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1、4.3蛋白质结构数据库目录4.3.1PDB数据库4.3.2MMDB数据库4.3.3SCOP数据库4.3.4DSSP数据库引言4.3.1PDB数据库1.简介美国Brookhaven实验室1971年建立的大分子结构数据库PDB蛋白质晶体结构资料数据库(ProteinDataBank)。PDB数据库的维护由结构生物信息学研究合作组织（ResearchCollaborationforStructuralBioinformatics,RCSB）负责。2.数据来源通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。主要是蛋白质的三维结构，还包括

2、核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。3.数据统计截止2008年4月，PDB数据库已含有50277个结构数据，其中约93%是蛋白质的结构。Other包括proteinsnucleicacidscomplexesX-rayNMRMicroscopy4.数据查询PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成。PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。例1：查询“PDBID=1ADZ”的结构数据(1)登陆PDB网站http://www.rcsb.org

3、/pdb/(2)在上方的搜索栏选中“PDBIDorkeyword”，在文本框中输入“1ADZ”，单击SiteSearch按钮，出现结果。数据查看：(3)分别单击标签Biology&Chemistry生物学和化学，Materials&Methods材料和方法，SequenceDetails细分序列，Geometry几何形态，观察数据信息。也可以单击Help查看帮助文件。(4)回到StructureSummary组织摘要，标签，在右侧的ImagesandVisualization区域可以观察蛋白的三维结构，可以单击KiNG，Jmol，WebMol等查看三维结构。(5

4、)单击左侧目录中的DownloadFiles下载不同格式和内容的文件；或下载FASTA序列文件；也可单击1adz右侧的DownloadPDBfile图标下载PDB文件(1adz.pdb)。生物学与化学标签方法标签序列标签几何形状标签摘要标签例2：查询“人calmodulin(钙调素蛋白：一种钙结合蛋白)”(1)登陆PDB网站(2)单击Advancedsearch→将StructureTitle限制为human和calmodulin→单击EvaluateQuery(3)得到多个结构数据，其中“PDBID=1GGZ”的搜索结果最符合要求，是人上皮细胞中的钙调素样蛋白

5、，单击此ID，进入1GGZ的具体界面。电子教程5.数据结构PDB中对于每一个结构记录，包含名称、参考文献、序列、一级结构、二级结构和原子坐标等信息。每条记录有两种序列信息，一种是显式序列信息(explicitsequence)，一种是隐式序列信息(implicitsequence)。在PDB文件中，以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息；PDB的隐式序列即为立体化学数据，包括每个原子的名称和原子的三维坐标。PDB数据库的详细字段说明如下：HEADER分子类，公布日期，ID号OBSLTE注明该ID号已改为新号TITLE说明试

6、验方法类型CAVEAT可能的错误提示COMPND化合物分子组成SOURCE化合物来源KEYWDS关键词EXPDTA测定结构所用的试验方法AUTHOR结构测定者REVDAT修订日期及相关内容SPRSDE已撤销或更改的相关记录JRNL发表坐标集的文献REMARK1有关文献REMARK2最大分辨率REMARK3用到的程序和统计方法REMARK4其他注解DBREF其他序列库的有关记录SEQADVPDB与其它记录的出入SEQRES残基序列MODRES对标准残基的修饰HET非标准残基HETNAM非标准残基的化学名称HETSYN非标准残基的同义字FORMUL非标准残基化学式H

7、ELIX螺旋SHEET折叠TURN转角SSBOND有二硫键存在LINK残基间化学键HYDBND氢键SLTBRG盐桥CISPEP顺势残基SITE特性位点CRYST1晶胞参数ORIGXn直角－PDB坐标SCALEn直角部分结晶学坐标MTRIXn非晶相对称TVECT转换因子MODEL多亚基时显示亚基号ATOM标准基团的原子坐标SIGATM标准差ANISOU温度因子SIGUIJ各种温度因素导致的标准差TER链末端HETATM非标准基团原子坐标ENDMDL亚基结束CONECT原子间的连通性有关记录MASTER版权拥有者END文件结束6.结构模型显示软件RasMolRasM

8、ol是一个进行分子三维立