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时间:2019-07-08
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1、Chap.10微生物的分类和鉴定§.1通用分类单元§.2微生物在生物界的地位§.3各大类微生物的分类系统纲要§.4微生物的鉴定Chap.11微生物的分类和鉴定●微生物分类学(microbialtaxonomy)●分类:在研究微生物相似性的基础上,把每一微生物编排在一定的分类单元中,制定出检索表。●鉴定:运用现代分类系统,通过具体菌株描述,给未知物一个具体的分类位置。●命名:按照国际命名法规,给每个新的分类群一个新的学名。(一)种的概念●种(species):微生物的基本分类单位,具有许多共同特征的菌株的集合。●典型菌株(typestrain)模式种(typespecies)●亚种●型、菌株§
2、.1通用分类单元●细菌新种发表的要求1)在IJSB上发表2)国内发表应送副本给IJSB编辑,以获有效目录公布3)提供模式种4)符合命名法规要求5)符合优先律●菌种保藏中心与菌种目录ATCC:美国典型菌种保藏中心CCTCC:中国典型菌种保藏中心:---下设:CCGMC、ACCC、CICC、CMCC等6个中心---菌种目录及菌种保藏和购买二、学名的命名及有关法规●双名法:Bacillussubtilis●三名法:Acetobacterpasteurianussubsp.pasteurianus●名字的应用:BacillussubtilisCMCC63501BacillussubtilisCohn
3、1874Bacillussp.Bacillusspp.●缩写:B.subtilis§.2微生物在生物界的地位五界系统:●三域学说●真核生物起源的内共生学说●古细菌生物学特征:§.3各大类微生物的分类系统纲要一、细菌、古生菌分类系统纲要《Bergey’sManualofSystematicBacterialogy》1,2版《Bergey’sManualofDeterminativeBacterialogy》1~9版1.古生菌:《系统手册》(二版)原核生物----古生菌界(2门63属208种)----泉古生菌门----广古生菌门----细菌界2.细菌的分类●《系统手册》(一版,1984~1989
4、年,共4卷)卷类型群(Section)主要代表Vol.1G-1~11section肠杆菌,假单孢菌,Vol.2G+12~17section芽孢杆菌,梭菌,Vol.3古生菌等18~25section甲烷菌,嗜盐菌,光合细菌Vol.4产孢放线菌26~33section链霉菌Bergey'sManualofSystematicBacteriology(2ed)Vol.1:TheArchaea&theDeeplyBranching&PhototrophicBacteria,(2001)Vol.2:Proteobacteria(2004)Vol.3:TheLowG+CGramPositives(200
5、0)Vol.4:TheHighG+CGramPositives(2000)Vol.5ThePlanctomycetes,Spirochetes,Fibrobacters,Bacteriods&Fusobacteria(2001)3.真菌(Fungi)的分类系统●Ainsworth系统《Thefungi》,Ainsworth,1973《AinsworthandBisby’sDictionaryoftheFungi》----7版,1983年,Hawksworth----8版,1995年,Hawksworth书355一、经典分类鉴定方法(生理生化为主,形态为辅)●通常指长期以来,在常规鉴定中普遍采
6、用的(形态、生理、生化、生态、生活史、血清学反应等指标)◆传统分类的细菌鉴定程序●细菌自动鉴定系统API数值鉴定系统BBL鉴定系统Biolog鉴定系统程序:1、辅助特征2、培养菌悬液加入生化反应板培养自动扫描自动鉴定打印结果二、现代分类鉴定方法●细菌化石二、现代分类鉴定方法1.微生物遗传型的鉴定(1)DNA碱基比例的测定(G+C)mol%:●(G+C)mol%值只能做否定判断;●(G+C)mol%值差别>5,属不同的种;差别>10,属不同的属。(2)核酸分子杂交法●DNA-DNA分子杂交原理:DNA分子解链的可逆性和碱基配对的专一性。DNA-DNA杂交(固相杂交法)单链DNA(待
7、测菌株)↓转硝酸纤维素膜↓加入放射性标志参照菌DNA(单链)↓洗去未杂交DNA↓闪烁计数器计数测定放射强度结论:1.DNA同源性≥60%(同种)2.DNA同源性≥70%(同亚种)3.DNA同源性60~70%(不同亚种)4.DNA同源性20~60%(同属)16srRNA作为细菌进化的计时器●生物共有的●一定的信息量(1542个核苷酸)●一定的保守性●便于比较研究(4)16srRNA核苷酸序列分析●DNA-PCR
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