微生物分类与鉴定

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1、微生物的分类和鉴定地球上的物种估计大约有150万，其中微生物超过10万种，而且其数目还在不断增加。生物分类的二种基本原则：a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生物亲缘关系为目标。b）按照生物系统发育相关性水平来分群归类，其目标是探寻各种生物之间的进化关系，建立反映生物系统发育的分类系统。从进化论诞生以来，已经成生物学家普遍接受的分类原则生物系统学(systematics)章节内容第一节通用分类单元系统分类单元、种的概念、学名、亚种第二节微生物在生物界的地位生物界级分类学说、五界系统、

2、三域学说及其发展、※微生物的进化第三节各大类微生物的分类系统纲要原核微生物分类系统纲要、真菌的分类系统纲要第四节微生物的鉴定经典分类鉴定方法、现代分类鉴定方法。第一节通用分类单元分类是认识客观事物的一种基本方法。我们要认识、研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：鉴定分类、命名、命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称；鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地

3、位的微生物所应归属分类群的过程。分类(classification)：根据一定的原则对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定；一、分类单元及其等级界（Kingdom）(Regnum)门（Phylum）(Phylum)纲（Class）(Classis)目（Order）(Ordo)科（Family）(Familia)属（Genus）(Genus)种（Species）(Species)根据CarlWoese的理论，现在还在界之上使用域(domain)（把全部生物先分为古生菌

4、域、细菌域和真核生物域，域下面再分界。）常用的细菌分类学术语：1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。BacillussubtilisASI.398BacillussubtilisBF7658生产蛋白酶生产α淀粉酶3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株

5、之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解反应的不同分为不同的噬菌型等4）种（species）：物种，生物分类中基本的分类单元高等生物中，“生殖隔离”被看作是区分物种的标准微生物的种：具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其他类群的菌株有很明显的区别。菌株与型的区别：菌株之间不存在鉴别性特征的差异，命名不同的菌株无需分类学依据，不同型的细菌之间存在鉴别性特征的差异，命名或鉴定不同的型必需有分类学依据。二、微生物的命名双名法，由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成，一般用斜体表示

6、属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示，例如Bacillussp由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准，为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱，细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”种和亚种指定模式菌株（typestrain）；亚属和属指定模式种（typespecies）；属以上至目级分类单元指定模式属（typegenus）；模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。第二节微生物在生物界的地位一、生物的界级分类学说

7、两界系统三界系统四界系统五界系统六界系统利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家CarlWoese二、三域学说及其发展三、rRNA和系统发育树1.rRNA的顺序和进化培养微生物提取并纯化rRNArRNA序列测定分析比较微生物之间的系统发育关系2.特征序列或序列印记（signaturesequence）通过对rRNA全序列资料的分析比较（特别是采用计算机）发现的在不同种群水平上的特异特征性寡核苷酸序列，或在某些特定的序列位点上出现的单碱基印记。特征序列有助于迅速确定某种微生物的分类归属，或建立新的分类单位。3.系统发育树(phylogenetic

8、tree)通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树，其特点是用一种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间