微生物分类与鉴定

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1、第十章微生物分类与鉴定本章内容一、分类单元二、命名规则三、分类鉴定方法四、微生物的分类系统据保守估计，地球上真菌约150万种，细菌4万种，病毒130万种但认识的微生物仅是估计数量的5~10%，即15万~20万种要认识、研究和利用类群庞大的微生物资源，必须对它们进行分类。分类(classification)：根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定。(根据现有数据建立系统的过程)分类学的具体任务有三个：鉴定分类、命名、命名(n

2、omenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称。鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。(根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)1.种以上的系统分类单元界门纲目科属种（基本分类单元）一、分类单元七级根据CarlWoese的理论，现在还在界之上使用域(domain)，即：古生菌域、细菌域、真核生物域。图10-5生命世界的系统发育树状图（Olsen&Woese1993）种是生物分类中基本的分类

3、单元和分类等级。微生物的种：指具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其他类群的菌株有很明显的区别。2.种（species）种的具体代表：称为“模式种”（typespecies）由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于操作的统一标准，为了减少因采用不同标准界定分类单元所造成的混乱，细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”种和亚种指定模式菌株（typestrain）；亚属和属指定模式种（typespecies）；属以上至目级分类单元指定模式属（typegenus）；3.种以下的分类单元1）亚种(subspecies)和变种(variety)：2）型(f

4、orm或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为新的亚种时，可以细分为不同的型。例如：抗原特征的差异，分为不同的血清型；对噬菌体裂解反应的不同，分为不同的噬菌体型3）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为一个菌株；用实验方法(如通过诱变)所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体菌株与型的区别：菌株之间不存在鉴别特征的差异，命名不同的菌株无需分类学依据；不同型的细菌之间存在鉴别特征的差异，命名或鉴定不

5、同的型必需有分类学依据。二、微生物的命名微生物名称：俗名（commonname）学名（scientificname）（1）学名国际命名法规：双名法：属名+种名加词属名在前，一般用拉丁文名词表示，字首字母大写种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写一般用斜体表示当两个或多个学名排在一起时，若它们的属名相同，则后面的属名可缩写成1个、2个或3个字母，在其后加一个点。如：Bacillus可缩写成“B.”或“Bac.”若所分离的菌株只鉴定到属而未鉴定到种，用sp.（单数）或spp.（复数）表示。如：Bacillussp.（2）在分类学文献中学名=属名+种名+（

6、首次定名人）+现名定名人+现名定名年份必要（斜体）可省略（正体）（3）三名法有亚种或变种时，学名由“三名法”构成学名=属名+种名加词+subsp或var+亚种或变种的加词斜体正体（可省略）斜体（不可省略）三、微生物分类鉴定的方法菌种鉴定步骤：获得纯培养物测定必要的鉴定指标查找权威性的菌种鉴定手册分类鉴定方法：经典分类鉴定法微生物遗传型的鉴定细胞化学成分的鉴定现代方法数值分类法（一）经典分类鉴定法形态学特征生理学特征生态学特征经典鉴定指标：生活史，有性生殖情况血清学反应对噬菌体的敏感性其他形态和生理生化特征是最常用的细菌分类、鉴定指标在生物学表型为指标的

7、传统方法，正在向微量化、简便化、快速化、智能化的方向发展。目前，已有商品化的鉴定系统，如：API系统“Enterotube”“Biolog”全自动和手动系统按大量表型性状的相似性程度进行统计、归类特点:使用尽可能多的性状，每个性状同等重要。步骤:(1)收集菌株，选择性状(2)性状编码(3)相似性计算:计算相关系数Ssm或Sj：Ssm=（a+c）/(a+b+c)正负反应性状Sj=a/(a+b+c)正反应性状Sj>80~85%种Sj>65%属(4)系统聚类(5)聚类结果的表示1.数值分类法（统计分类法）（二）现代分类鉴定方法2.微生物遗传型的鉴定特点：与形

8、态及生理生化特性的比较不同，对DNA的碱基组成的比较和进行核酸分子杂交是直接比较不同微生物之间