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《基于PCR技术的DNA甲基化检测方法研究进展》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、·314·国外医学卫生学分册2008年第35卷第5期071基于PCR技术的DNA甲基化检测方法研究进展李克勇,肖武生综述常秀丽,吴庆审校(公共卫生安全教育部重点实验室复旦大学公共卫生学院劳动卫生教研室,上海200032)摘要:DNA甲基化是表观遗传修饰最基本的方式,在维持正常细胞功能、胚胎发育和肿瘤发生中起着重要的作用,是当前学术研究的重点和热点。随着研究的深入,为满足不同研究目的需求,DNA甲基化检测方法也得到了较快的发展。本文针对近年来基于PCR技术的DNA甲基化检测方法进行简要的分析总结,为选择适合研究目的的检测方法提供帮助。关
2、键词:表观遗传;DNA甲基化;PCR;检测中图分类号:Q78文献标识码:A文章编号:1001-1226(2008)05-0314-05胞嘧啶甲基化是真核生物最常见的DNA序列于PCR技术的DNA甲基化检测新方法、在原有方法修饰,是在DNA甲基转移酶(DNMT)的作用下,胞嘧基础上改进的方法亦或对原有方法加以改进提供定啶环的5位碳原子上加入一个甲基成为5-甲基胞嘧量分析的一些方法进行简要的分析总结。啶(5-MeC)。该反应主要发生在与鸟嘌呤5'端相邻的胞嘧啶上,也就是CpG二核苷酸。DNA甲基化是1甲基化等位基因定量分析人类表观遗传修饰
3、的主要形式,基因组甲基化模式甲基化等位基因定量分析(quantitativeanalysis异常(包括DNA过低甲基化和CpG岛高甲基化)与ofmethylationalleles,QAMA)是一种新的定量的甲基肿瘤发生密切相关,DNA甲基化模式的改变也是胚发光(MethyLight)检测技术,使用了基于微沟槽结合胎发育的关键。剂(minorgroovebinder,MGB)技术的TaqMan探[8,9]甲基化分析是在DNA水平了解基因表达的重针。由于采用了改进的序列特异的探针,甲基要途径。研究DNA甲基化及其对机体的调节作用,化和未
4、甲基化的等位基因可以在一个反应中进行相需要了解基因组或和特定基因的甲基化状态,因此对定量。通过两种不同的荧光染料(VIC和FAM),对DNA甲基化检测方法的需求显得非常迫切。在甲基化的探针和非甲基化的探针产生的信号被区别过去数10年中,DNA甲基化的分析方法得到了长足开来。的发展,建立了大量检测DNA甲基化的分析方法。这种方法主要的优点是易于实施,仪器设备仅其中的一些方法如甲基化特异的聚合酶链反应需一台实时PCR仪即可进行。但是需要注意的是,[1]突变和基因多态性会影响探针与相应序列的结合,(MS-PCR)、甲基化敏感的单核苷酸引物延
5、伸法(MS-SNuPE)[2,3]、限制性标记基因组扫描(RLGS)[4]、从而不能获得所研究序列的正确的甲基化状态。另[5,6]外,由于荧光探针不止针对一个GC位点,只有全部结合亚硫酸盐限制性分析(COBRA)等技术在的GC位点为甲基化或非甲基化时才产生可以识别DNA甲基化检测领域得到了完善,并且在实践中得的荧光信号,因此不能识别部分甲基化的位点。虽到了广泛的应用。关于这些方法的发展及应用[7]然由于技术上的限制,该方法不适合作为寻找新的Romulo等已做过综述,本文就最近发展起来的基甲基化位点的工具,但是它为分析甲基化模式的改收稿
6、日期:2008-05-05;修回日期:2008-07-29变提供了一个强大的手段。基金项目:国家自然科学基金(30671728,30630021)作者简介:李克勇,男,硕士研究生,研究方向:生殖和发育毒理学。2MethylQuant肖武生,男,硕士研究生,研究方向:生殖和发育毒理学。审者简介:常秀丽,女,博士,讲师,研究方向:农药毒理学。MethylQuant是一种基于PCR的甲基化定量分吴庆,女,博士,副教授,硕士生导师,研究方向:生殖和发析技术,可以通过实时PCR扩增亚硫酸盐处理后的育毒理学。[10]DNA来定量分析单个胞嘧啶甲基
7、化水平。定量国外医学卫生学分册2008年第35卷第5期·315·的基础是通过比较两个实时PCR反应来实现的。响结果准确性的一个重要方面,50℃(16～18h)可一个PCR反应忽略目标序列的甲基化状态进行扩以使胞嘧啶转化效率最高,因此亚硫酸盐处理的反增(无差别的),而另一个PCR反应仅扩增甲基化的应条件要严格控制。序列(有差别的)。甲基化和非甲基化序列的差异通过引物3'端核苷酸互补碱基对来确定。通过比较4甲基化CpG结合法无差别PCR反应和有差别PCR反应阈值与循环数甲基化-CpG-结合域(methylCpGbindingdomain,
8、交叉点的差异,可以获得目标序列甲基化和非甲基MBD)蛋白特异地识别甲基化的序列并与之结合,是化的相对比。介导甲基化的DNA转录抑制调控复合物的主要成该法的优点之一是可以采用广泛应用的SYBR分。其中一个重要的成员就是MB
