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时间:2019-07-01
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1、分子标记的类型①基于杂交的分子标记,如RFLP(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,即限制性长度片段多态性)。②基于DNA序列和芯片的分子标记,如SNP(Singlenucleotidepolymorphism,单核苷酸多态性)。③基于PCR的分子标记,它又分为两类:RAPD(RandomamplifiedpolymorphicDNA)DAF(DNAamplificationfingerprinting)SSCP(Singlestrandconfirmationalpolymorphism)小卫星DNA(
2、MinisatelliteDNA)微卫星DNA(MicrosatelliteDNA),又称SSR(Simplesequencerepeat)ISSR(Intersimplesequencerepeat)AP-PCR(ArbitraryprimerPCR)它主要有SCAR(Sequencecharacterizedamplifiedregion)STS(Sequencetaggedsite)位点特异的PCR标记方法多位点标记方法基于PCR技术的DNA扩增方法RAPD标记的原理RAPD标记的操作步骤RAPD标记特点及应用RAPD标记123RAPD标
3、记简介和原理1RAPD标记的操作步骤2(1)随机扩增多态性DNA(RandomAmplifiedPolymorphicDNA,RAPD)简介:RAPD是由Williams和Welsh(1990)同时发展起来的一项新的建立于PCR实验基础上的检测基因组DNA多态性的遗传标记技术。原理:该技术利用大量的、各不相同的,碱基顺序随机排列的寡聚单核苷酸链为引物(约8~10个碱基),以待研究的基因组DNA片段为模板,进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖凝胶电泳分离,可对基因组DNA进行多态性分析。RAPD标记简介和原理1RAPD所使用的引物各不相同,但对任一特
4、定引物,它在基因组DNA序列上有其特定的结合位点,这些特异的结合位点在基因组某些区域内的分布如符合PCR扩增反应的条件,即引物在模板的两条链上有互补位置,且引物3’端相距在一定的长度范围内,就可以扩增出DNA片段。一旦基因组在这些区域发生DAN片段插人、缺失或碱基突变,就可能导致这些特定结合位点的分布发生变化,从而导致扩增产物数量和大小发生改变,表现出多态性。就单一引物而言,其只能检测基因组特定区域DNA多态性,但利用一系列引物则可使检测区域扩大到整个基因组,因此,RAPD可用于对整个基因组DNA进行多态性检测,也可用于构建基因组指纹图谱。PC
5、RMelting94oCMelting94oCAnnealingPrimers50oCExtension72oCTemperature100050Time30x5’3’3’5’3’5’5’5’3’5’3’5’5’5’5’5’3’3’5’3’5’5’3’5’3’5’RAPDTemplateDNAPrimerbindstomanylocationsonthetemplateDNAOnlywhenprimerbindingsitesarecloseandorientedinoppositedirectionsotheprimerspointtowar
6、deachotherwillamplificationtakeplaceRAPDTemplateDNAPrimerspointawayfromeachother,soamplificationwon’thappenRAPDTemplateDNAPrimerspointinthesamedirection,soamplificationwon’thappenRAPDTemplateDNAPrimerstoofarapart,soamplificationwon’thappen>2,000basesTemplateDNAPrimersarejust
7、therightdistanceapart,sofragmentisamplified100-1,500basesRAPDMM2345678910SeparatedRAPDFragments4mMMgCl21.2UTaq5pMOPA-164mMMgCl20.6UTaq10pMOPA-162mMMgCl21.2UTaq10pMOPA-16Normalconcentrationsareshowninyellowtext.M=AsizestandardLoweringMagnesiumionconcentrationresultsinlossofth
8、elargestfragmentvisibleinlanes2-7RAPDreactionswereruningroupsof3usingthesam
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