rapd分子标记技术

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1、分子标记的类型①基于杂交的分子标记，如RFLP（Restrictionfragmentlengthpolymorphism,即限制性长度片段多态性）。②基于DNA序列和芯片的分子标记，如SNP（Singlenucleotidepolymorphism，单核苷酸多态性）。③基于PCR的分子标记，它又分为两类：RAPD（RandomamplifiedpolymorphicDNA）DAF（DNAamplificationfingerprinting）SSCP（Singlestrandconfirmationalpolym

2、orphism）小卫星DNA（MinisatelliteDNA）微卫星DNA（MicrosatelliteDNA）,又称SSR（Simplesequencerepeat）ISSR（Intersimplesequencerepeat）AP-PCR（ArbitraryprimerPCR）它主要有SCAR（Sequencecharacterizedamplifiedregion）STS(Sequencetaggedsite)位点特异的PCR标记方法多位点标记方法基于PCR技术的DNA扩增方法RAPD标记的原理RAPD标记

3、的操作步骤RAPD标记特点及应用RAPD标记123RAPD标记简介和原理1RAPD标记的操作步骤2（1）随机扩增多态性DNA（RandomAmplifiedPolymorphicDNA，RAPD）简介：RAPD是由Williams和Welsh（1990）同时发展起来的一项新的建立于PCR实验基础上的检测基因组DNA多态性的遗传标记技术。原理：该技术利用大量的、各不相同的，碱基顺序随机排列的寡聚单核苷酸链为引物(约8～10个碱基)，以待研究的基因组DNA片段为模板，进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖凝胶电泳分离，可对基

4、因组DNA进行多态性分析。RAPD标记简介和原理1RAPD所使用的引物各不相同，但对任一特定引物，它在基因组DNA序列上有其特定的结合位点，这些特异的结合位点在基因组某些区域内的分布如符合PCR扩增反应的条件，即引物在模板的两条链上有互补位置，且引物3’端相距在一定的长度范围内，就可以扩增出DNA片段。一旦基因组在这些区域发生DAN片段插人、缺失或碱基突变，就可能导致这些特定结合位点的分布发生变化，从而导致扩增产物数量和大小发生改变，表现出多态性。就单一引物而言，其只能检测基因组特定区域DNA多态性，但利用一系列引

5、物则可使检测区域扩大到整个基因组，因此，RAPD可用于对整个基因组DNA进行多态性检测，也可用于构建基因组指纹图谱。PCRMelting94oCMelting94oCAnnealingPrimers50oCExtension72oCTemperature100050Time30x5’3’3’5’3’5’5’5’3’5’3’5’5’5’5’5’3’3’5’3’5’5’3’5’3’5’RAPDTemplateDNAPrimerbindstomanylocationsonthetemplateDNAOnlywhenpri

6、merbindingsitesarecloseandorientedinoppositedirectionsotheprimerspointtowardeachotherwillamplificationtakeplaceRAPDTemplateDNAPrimerspointawayfromeachother,soamplificationwon’thappenRAPDTemplateDNAPrimerspointinthesamedirection,soamplificationwon’thappenRAPDTe

7、mplateDNAPrimerstoofarapart,soamplificationwon’thappen>2,000basesTemplateDNAPrimersarejusttherightdistanceapart,sofragmentisamplified100-1,500basesRAPDMM2345678910SeparatedRAPDFragments4mMMgCl21.2UTaq5pMOPA-164mMMgCl20.6UTaq10pMOPA-162mMMgCl21.2UTaq10pMOPA-16N

8、ormalconcentrationsareshowninyellowtext.M=AsizestandardLoweringMagnesiumionconcentrationresultsinlossofthelargestfragmentvisibleinlanes2-7RAPDreactionswereruningroupsof3usingthesam