AutoDock-分子对接步骤

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1、Discoverystudio:File->New->moleculewindow:出现如下窗口，将所要处理的分子*.sdf文件拖入，Chemistry->hydrogens->dele去掉所有氢，选中质子化的氮原子选中质子化的氮原子，Chemistry->charge:+1.Chemistry->hydrogens->add.（加上所有氢，包括质子化的氢原子）Pdbqt格式准备（pymol）：4M48-DAT.pdb用pymol读入：点右下方S键,在左上方显示序列，选中21B，右侧显示有sele后，file->savemolecular

2、:sele-OK-重命名ligand.pdbFile->open->Duloxetine_3d.sdfSave>molecular:Duloxetine-3d.pdb受体准备：1.Pymol软件：pymol打开两个蛋白分子的pdb格式，将SERT-model叠合到4M48-DAT上，保存叠合后的SERT-model.pdb。（此步骤是重新定义SERT-model的坐标）2.AutoDockTools:file->ReadMolecule:SERT-moldel-align.pdbEdit->Hydrogens:polarOnly->OkG

3、rid->Macromolecule->choose:SERT-moldel-align.保存为:SERT-moldel-align.pdbqt配体准备：Ligand->input->open:(*.pdb)ligand.pdb

4、Duloxetine-3d.pdbLigand->Output->SaveasPDBQT:保存为*.PDBQT文件。找活性位点，计算格点：Grid->Macromolecule->open:SERT_model_align.pdbqt弹出对话框：NO、确定、确定Ligand->input->open：ligand

5、.pdbqt弹出对话框：确定Grid->setmaptypes->chooseligand:ligandGrid->GridBox->center->centeronligand:存图片或outputgriddimensionsfile

6、closesavingcurrentLigand->input->open：Duloxetine_3d.pdbqt弹出对话框：确定Grid->Macromolecule->choose:SERT_model_align弹出对话框：NO、确定、确定Grid->setmaptypes->chooseligan

7、d:Duloxetine-3dGrid->output->saveGPF:SERT-Drug.gpfRun->AutoGrid提交成功，呈现如下对话框：生成一系列*.map文件和SERT-Drug.glgDocking:Docking->Macromolecule->setrigidfilename:SERT-moldel-alignDocking->Ligand->choose:Duloxetine_3d弹出对话框：AcceptDocking->Output->GeneticAlgorithm(4.2)

8、LamarckianGA(4.2

9、):SERT-Drug-dock.dpfRun->AutoDock提交后呈现：结果分析：Analyze->docking->open:*dlg(SERT-Drug-dock-GA.dlg

10、SERT-Drug-dock-lamarkianGA.dlg)Analyze->conformations>play:可看各个构型。（Ligand->input->open:ligand.pdbqt两个相比，可以看到哪个构型与样本配体结构最相似）