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时间:2019-06-15
《AutoDock-分子对接步骤》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、Discoverystudio:File->New->moleculewindow:出现如下窗口,将所要处理的分子*.sdf文件拖入,Chemistry->hydrogens->dele去掉所有氢,选中质子化的氮原子选中质子化的氮原子,Chemistry->charge:+1.Chemistry->hydrogens->add.(加上所有氢,包括质子化的氢原子)Pdbqt格式准备(pymol):4M48-DAT.pdb用pymol读入:点右下方S键,在左上方显示序列,选中21B,右侧显示有sele后,file->savemolecular
2、:sele-OK-重命名ligand.pdbFile->open->Duloxetine_3d.sdfSave>molecular:Duloxetine-3d.pdb受体准备:1.Pymol软件:pymol打开两个蛋白分子的pdb格式,将SERT-model叠合到4M48-DAT上,保存叠合后的SERT-model.pdb。(此步骤是重新定义SERT-model的坐标)2.AutoDockTools:file->ReadMolecule:SERT-moldel-align.pdbEdit->Hydrogens:polarOnly->OkG
3、rid->Macromolecule->choose:SERT-moldel-align.保存为:SERT-moldel-align.pdbqt配体准备:Ligand->input->open:(*.pdb)ligand.pdb
4、Duloxetine-3d.pdbLigand->Output->SaveasPDBQT:保存为*.PDBQT文件。找活性位点,计算格点:Grid->Macromolecule->open:SERT_model_align.pdbqt弹出对话框:NO、确定、确定Ligand->input->open:ligand
5、.pdbqt弹出对话框:确定Grid->setmaptypes->chooseligand:ligandGrid->GridBox->center->centeronligand:存图片或outputgriddimensionsfile
6、closesavingcurrentLigand->input->open:Duloxetine_3d.pdbqt弹出对话框:确定Grid->Macromolecule->choose:SERT_model_align弹出对话框:NO、确定、确定Grid->setmaptypes->chooseligan
7、d:Duloxetine-3dGrid->output->saveGPF:SERT-Drug.gpfRun->AutoGrid提交成功,呈现如下对话框:生成一系列*.map文件和SERT-Drug.glgDocking:Docking->Macromolecule->setrigidfilename:SERT-moldel-alignDocking->Ligand->choose:Duloxetine_3d弹出对话框:AcceptDocking->Output->GeneticAlgorithm(4.2)
8、LamarckianGA(4.2
9、):SERT-Drug-dock.dpfRun->AutoDock提交后呈现:结果分析:Analyze->docking->open:*dlg(SERT-Drug-dock-GA.dlg
10、SERT-Drug-dock-lamarkianGA.dlg)Analyze->conformations>play:可看各个构型。(Ligand->input->open:ligand.pdbqt两个相比,可以看到哪个构型与样本配体结构最相似)
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