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时间：2019-11-26
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1、MOE分子对接教程1.在MOE窗口open打开一个有小配体的蛋白（PDB或moe文件）点击Compute→prepare→Protonate3D（使质子化）点击OK。打开SEQ面板删去水分子和与小配体无关的其他杂配体或离子在MOE窗口右边点击SiteView点击System，改变配体颜色使得小配体显示绿色C骨架在MOE窗口点击Surface→recepter在MOE窗口点击Surface→SurfaceandMaps改变口袋表面的透明度在SurfaceandMaps面板调节如图所示在MOE窗口会看到如下图所示：接下来对接一个小配体点击Compute→dock在Recep
2、ter选项选择Recepter+Solvent其它选择默认值。点击Run。在表单你会看到有不同的构象对接结果，包括RMSD值。口袋对接结果2.创建一个药效团模型在MOE窗口点击Compute→Pharmacophore→QueryEditor点击R，这样会创建基于受体的药效团特征。点击口袋中显示的小球，然后点击feature，这样在对接口袋就会显示药效团。3.化合物数据库的对接关闭PharmacophoreQueryEditor面板在MOE窗口点击Compute→DockOutput选项选择一个对接结果数据库名字，这里命名为moe_dock2Receptor选项为Rec
3、epter+SolventLigand选项为MDBFile,选择要对接的pde5inhibitors.mdb(这里说明一下，mdb格式是MOE独有的，用的不多，但是可以将常用的sdf和mol2格式转化为mdb格式，方法为将sdf或mol2文件用MOE打开成表单，再saveas成mdb格式。)其他值默认，点击Run。等待计算...对接完后，关闭药效团编辑器面板
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