利用CODEHOP和iCODEHOP设计简并引物克隆芒果LAX基因家族片段

《利用CODEHOP和iCODEHOP设计简并引物克隆芒果LAX基因家族片段》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、万方数据热带作物学报2011，32(12)：2278-2282篁!!竺皇!塞!竺竺竺皇!竺!!!竺垡!呈!篁竺呈!利用CoDEHoP和iCoDEHoP设计简并引物克隆芒果以X基因家族片段李运合4．孙光明中国热带农业科学院南亚热带作物研究所．广东湛江524091摘要详细介绍采用CODEHOP和iCODEHOP设计简并引物的方法．并利用这2个程序设计了8对简并引物，从芒果子叶中扩增到8条不同长度的cDNA片段．测序结果表明．这些片段包含4类不同的DNA序列。经过在NCBI上进行blastx分析，这些序列与其它植物的MX基因具有高度同源

2、性．因此推测，芒果中的MX基因家族其至少包括4条同源基因。研究结果表明CODEHOP和iCODEHOP设计的简并引物可信性强并具有高效性。关键词芒果；MX基因；简并引物；iCODEHOP；克隆中图分类号Q78$667．7。。文献标识码ADegeneratePrimersDesigntoClone以XGeneFamilyFragmentsofMangoUsingCoDEHoPandiCoDEHoPProgramsLIYunhe，SUNGuangmingSouthSubtropicalCropResearchImtitute，Chin

3、eseAcademyofTropicalAgriculturdScience，Zhanjiang，Guangdon9524091，ChinaAbstractRootingfrommangocotyledonsegmentofzygoteembryoswasagoodsystemtostudytheadventitiousrootformationmechanism．However，themolecularbiologymechanismwasunclear．Inthisstudy，themethodofdegenerateprim

4、ersdesignusingCODEHOPandiCODEHOPweredetailintroduced，and8pairsdegenerateprimeswereselectedforPCR．Then，8differentcDNAfragmentswereamplified．Sequencingresultsshowedthatthesefragmentscontained4differentDNAsequenees．AfterBlastxanalysisonNCBI，itwasfoundthatthesecDNAsbelong

5、edtoonegenefamilyandhadhighhomologywithother以Xgenesreposed．Therefore．thereareatleast4homogenousgeneswithLAXinmango．Ontheotherhand，theseresultsalsosuggestedthatdegenerateprimersdesignedbyCODEHOPandiCODEHOPwereofcredibilityandhighefficiency．KeywordsMango；LAXgene；Degener

6、ateprimer；iCODEHOP；Clonedoi10．39690．issn．1000—2561．2011．12．016来源于合子胚子叶切段的生根是一个研究不定根形成的良好系统．它不需要外源激素刺激就能很容易生根【l-21。紫花芒(MangiferaindicaL．CV．Zihua)子叶切段在0．7％的琼脂培养基上黑暗培养．不定根只在近轴端切面上形成．推测这可能与子叶切段内的生长素极性运输有关。但其分子生物学机制尚不清楚[3】。植物细胞间的生长素极性运输主要通过特定的输入载体(influxcarrier)和输出载体(emuxc

7、aHier)来完成[41。为了克隆芒果中编码生长素输入载体的以X(AUXl一likeprotein)基因，本研究通过CODEHOP(COnsensus—DEgenerateHvbridOligonuc玎eotidePrimers)E目和iCODEHOPtq(TheinteractiveprogramforcreatingCOnsensusDEgenerateHybridOligonucleotidePrimers)分别设计了4对简并引物．最终扩增到芒果中的包括4条同源基因在内的MX基因家族片段。传统简并引物的设计方法是将亲缘关系较

8、近的氨基酸(或者核苷酸)序列进行对比后．选取保守区域，进行简并引物的设计同。此方法不仅需要耗费大量的时间来比对序列设计简并引物．设计出来的引物简并度一般都比较高．而且由于简并度又不能太高．引物长度一般都在25个核苷酸以下，导致其退火温度一般都比较低