南美白对虾肠道细菌抗生素抗性基因的研究

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1、硕士学位论文南美白对虾肠道细菌抗生素抗性基因的研究作者姓名刘可心学科专业微生物学指导教师林炜铁教授所在学院生物科学与工程论文提交日期2018年4月12日AntibioticsResistanceGenesAnalysisinIntestinalmicrofloraofPenaeusvannameiADissertationSubmittedfortheDegreeofMasterCandidate：LiuKexinSupervisor：LinWeitieSouthChinaUniversityofTechnologyGuangzhou,China分类号：Q938.1学校代号：10561学号

2、：201520133418华南理工大学硕士学位论文南美白对虾肠道细菌抗生素抗性基因的研究作者姓名：刘可心指导教师姓名、职称：林炜铁、教授申请学位级别：理学硕士学科专业名称：微生物学研究方向：环境微生物、微生物生态学论文提交日期：2018年4月12日论文答辩日期：2018年6月1日学位授予单位：华南理工大学学位授予日期：年月日答辩委员会成员：主席：张雷委员：叶燕锐周婷王斌罗剑飞华南理工大学学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的论文是本人在导师的指导下独立进行研究所取得的研究成果。除了文中特别加以标注引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写的成果作品。对本文的研究做出重要贡

3、献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律后果由本人承担。作者签名：日期：年月日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，即：研究生在校攻读学位期间论文工作的知识产权单位属华南理工大学。学校有权保存并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许学位论文被查阅(除在保密期内的保密论文外)；学校可以公布学位论文的全部或部分内容，可以允许采用影印、缩印或其它复制手段保存、汇编学位论文。本人电子文档的内容和纸质论文的内容相一致。本学位论文属于：□保密，(校保密委员会审定为涉密学位时间：年月日)于年月日解密后适用本授权书。□不保密,

4、同意在校园网上发布，供校内师生和与学校有共享协议的单位浏览；同意将本人学位论文提交中国学术期刊(光盘版)电子杂志社全文出版和编入CNKI《中国知识资源总库》，传播学位论文的全部或部分内容。(请在以上相应方框内打“√”)作者签名：日期：指导教师签名：日期作者联系电话：13428878209电子邮箱：305843320@qq.com联系地址(含邮编)：广东省广州市华南理工大学大学城B6(510006)摘要我国是水产养殖第一大国，对虾养殖是水产养殖的支柱产业。抗生素被广泛用于预防和治疗对虾易患的细菌性疾病。由于抗生素的滥用，对虾养殖环境和对虾体内抗生素污染严重，诱导了大量有抗生素抗性的细菌(An

5、tibioticsresistancebacterium，ARB)及抗生素抗性基因(Antibioticsresistancegenes，ARGs)的产生。ARGs普遍存在于养殖环境和养殖品体内，对虾肠道中ARGs污染所带来的食品安全性问题严重威胁着人类健康。因此研究ARGs在对虾肠道中的多样性，比较其在对虾养成期与成熟期的变化情况，分析其在健康对虾与患病对虾中的差异性，可以为对虾养殖合理用药提供指导并对市售对虾安全性评价提供重要参考。本课题采用传统分子生态学方法、传统微生物培养方法和宏质粒组高通量测序分析方法对对虾肠道ARGs多样性进行研究。以广州市4个水产市场所售南美白对虾为实验材料，

6、提取肠道微生物总基因组DNA，用PCR和Q-PCR手段确定ARGs的种类和基因丰度。筛选纯化4类ARB并进行种属鉴定，确定ARB的抗生素抗性表现型和其所携带的ARGs基因型。建立了肠道微生物总质粒组提取方法，提取成熟市售对虾、养成期健康对虾、养成期患病对虾的肠道细菌总质粒组DNA并进行高通量测序和数据分析。经PCR定性检测，所研究的四环素类、磺胺类、喹诺酮类、大环内酯类、β内酰胺类、万古霉素类共6类30个ARGs中有20个被检出。4个样品中tetA、tetB、tetC、tetE、sulⅠ、sulⅡ、qnrS、ermB均被检出，组间基因拷贝数差异不大。拷贝数排序为tetA≈tetB>sulⅠ

7、>tetE>sulⅡ>qnrS>ermB。用四环素、磺胺嘧啶、环丙沙星、红霉素对ARB进行筛选，筛选率排序为有氧培养条件下四环素ARB(36.2%)>环丙沙星ARB(3.2%)>红霉素ARB(2.8%)>磺胺嘧啶ARB(2.2%)。厌氧培养条件下四环素ARB(1.7%)>环丙沙星ARB(0.20%)>红霉素ARB(0.14%)>磺胺嘧啶ARB(0.10%)。共筛选到57株ARB，经菌落形态观察和16SrDNA同源性分析分