基于高分辨率熔解曲线技术快速筛选黄瓜SNP_1

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1、分子植物育种，2011年，第9卷，第5期，第642—647页MolecularPlantBreeding，2011，Vo1．9，No．5，642—647技术主题UpgradedFeature基于高分辨率熔解曲线技术快速筛选黄瓜SNP兰青阔。张桂华王永赵新朱珠孙玉河z郭永泽程奕1天津市农业科学院中心实验室，天津，300381；2天津科润农业科技股份有限公司黄瓜研究所，天津，300192通讯作者，wyzl2007@yahoo．com．cn摘要为筛选用以黄瓜纯度检验和品种鉴定的SNP位点，以l7个黄瓜杂交品种及其34份亲本为SNP筛选群

2、体，利用高分辨率熔解曲线(highresolutionmelting，HRM)技术筛选SNP位点。本研究通过HRM分析和焦磷酸测序确认，获得CLA0(TT／一)、CLA1(C／T)~I]CLA6(A／G)~个SNP位点，群体中多态信息量(PIC)分别为0．549、0．366和0．477；并对市售l2个杂交黄瓜种分型鉴定，结果表明，三个SNP位点适用于其中11个市售品种的纯度鉴定，具备用于品种鉴定的潜能。关键词黄瓜，SNP标记，高分辨率熔解曲线DiscoveryofSingleNucleotidePolymorphisminCucu

3、mberBasedonHighResolutionMeltingAnalysisLanQingkuoZhangGuihuaWangYongZhaoXinZhuzhuSunYuheGuoYongzeChengYi1CentralLabofTianjinAgricultureAcademySciences，Tianjin，300381；2TianjinKemelCucumberResearchInstituteofTianjinAgricultureAcade-myofScience，Tianjin，300192Correspondi

4、ngauthor,wyzl2007@yahoo．com．cuD0I：10．3969／mpb．009．000642AbstractInordertoexploreSNPsitesforcucumberpuritytestandcultivaridentification，highresolutionmelting(HRM)wasusedtoscreeningSNPsitefromthegroupincluding17cucumberhybridandtheirparentslines．ByHRManalysisandPyrosequ

5、encingconfirmation，wegotthreeSNPsites，namedCLAO(TT／一)，CLA1(C／T)andCLA6(A／G)，whosepolymorphisminformation(PIC)were0．549，O．366andO．477respectively．AndthethreeSNPsitesaresuitedtopuritytestfor91．7％ofthe12commercialcucumberhybridcultivarsandhavethepotentialityforcultivarid

6、entification．KeywordsCucumber，Singlenucleotidepolymorphism(SNP)，Highresolutionmelting(HRM)蔬菜种子纯度和真实性是种子质量的重要指标，并结合SNP标记和焦磷酸测序技术用于甜瓜品种鉴其鉴定方法有田间形态试验、同工酶标记、RAPD、定；Jung等(2010)3I]用AlleleSpecificPCR(AS．PCR)SSR(李丽和郑晓鹰，2009)等技术，但在操作性、稳定方法从conservedorthologsetlI(coslI1markers中

7、性、多态性等方面不能满足目前的需要。单核苷酸多筛选出40个辣椒SNP位点，能完全鉴定17个甜椒态~(singlenucleotidepolymorphism，st,w)，是指在基品种，能区分81个辣椒品种中的79个。因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列高分辨率熔解曲线(highresolutionmelting，HRM)多态性，主要有密度高、遗传稳定性好、具有代表性、技术是近年来在传统突变检测方法的基础上发展起分析易自动化等特性，已成为继SSR之后的新一代来的一种用于突变扫描和基因分型的新技术(甘四明遗传学标记，近年来被

8、广泛应用于蔬菜分子辅助育种等，2010)，由犹他大学和Idaho科技公司合作开发的及品种鉴定。Wim等(2009)从甜瓜公共EST数据库一种SNP及碱基突变研究技术(Gundryeta1．，2002)，发掘获得45个SNP位点，丰富了甜瓜基因遗传图