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《应用高分辨率熔解曲线技术分析水稻分子标记基因型(1)》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、中国农业科学2011,44(18):3701-3708ScientiaAgriculturaSinicadoi:10.3864/j.issn.0578-1752.2011.18.001应用高分辨率熔解曲线技术分析水稻分子标记基因型赵均良，张少红，刘斌（广东省农业科学院水稻研究所，广州510640）摘要：【目的】验证高分辨熔解曲线（high-resolutionmeltingcurveanalysis，HRM）技术在水稻分子标记分析中应用的可行性和可靠性，应用该技术对水稻重组自交系（RIL）群体及其亲本进行SSR、InDel和SNP标记基因型分析。【方法】以粳稻品种丽江新团黑谷（LTH
2、）和籼稻品种三黄占2号（SHZ-2）及其衍生的RIL群体为材料，以纯合亲本LTH作为参比基因型，利用HRM技术分析一个G/A转换的SNP标记以及非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）难以分辨的一个SSR标记和一个InDel标记的基因型。【结果】通过加入适量的参比DNA，HRM能够分辨2个纯合亲本及其衍生的纯合体和杂合体RI系的分子标记基因型，并且以加入20%模板量的参比DNA对3种基因型的分辨最好。利用该方法对作图群体的部分RI系进行分子标记基因型分析，结果与变性PAGE的分析结果完全吻合。【结论】验证了HRM应用于水稻SSR、InDel以及SNP标记分析的可行性和可靠性。相对于凝胶电
3、泳分析，HRM具有分辨率高、高效、快速、操作简单、安全等优点，是一种在水稻分子标记分析中很有应用前景的技术。关键词：水稻；SSR标记；InDel标记；SNP标记；高分辨率熔解曲线ApplicationofHigh-ResolutionMeltingCurveAnalysisforMolecularMarkerGenotypinginRiceZHAOJun-liang,ZHANGShao-hong,LIUBin（RiceResearchInstitute,GuangdongAcademyofAgriculturalSciences,Guangzhou510640）Abstract:【O
4、bjective】Inordertotestthefeasibilityandreliabilityofhigh-resolutionmeltingcurveanalysis(HRM)formolecularmarkergenotypinginricecrop,SSR,InDelandSNPgenotypingofaricerecombinantinbredline(RIL)populationandtheirparentswereconductedusingHRM.【Method】AjaponicacultivarLijiangxintuanheigu(LTH),anindicac
5、ultivarSanhuangzhan2(SHZ-2)andtheirderivedRILpopulationswereused.Theampliconsofthetwomolecularmarkers,aSSRmarkerandanInDelmarker,whichcouldnotbedifferentiatedbynon-denaturingpolyacrylamidegelselectrophoresis(PAGE),andtheampliconsofaG/AtransitionSNPmarker,weresubjectedtoHRManalysis.Thereferenceh
6、omozygousDNAfromLTHwasaddedbeforePCR.【Result】ByaddingreferenceDNA,theheterozygousandtwodifferenthomozygousgenotypesgeneratedfromSSR,InDelandSNP,respectively,couldbedistinguishedbyHRM.ThebestdiscriminationforthethreegenotypeswasgivenwhentheamountofreferenceDNAwasequalto20%templateDNA.Thegenotype
7、softwoparentsandtheirderivedRIlinesbasedonHRMwereperfectlyconsistentwiththosebasedondenaturingPAGE.【Conclusion】HRMcanbeusedforSSR,InDelandSNPgenotypinginrice.ComparingwithPAGE,HRMhastheadvantagesofhighresolution,highthrough-put,si
