基于COI序列的DNA条形码在中国沿海缀锦蛤

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1、动物学研究2010，Aug.31(4):345−352CN53-1040/QISSN0254-5853ZoologicalResearchDOI：10.3724/SP.J.1141.2010.04345基于COI序列的DNA条形码在中国沿海缀锦蛤亚科贝类中的应用分析*陈军，李琪，孔令锋，郑小东，于瑞海(中国海洋大学海水养殖教育部重点实验室，山东青岛266003)摘要：该研究探讨了将COI序列应用于中国沿海缀锦蛤亚科贝类物种鉴定的可行性，获得了该亚科5属11种贝类51个个体的43个单倍型序列。碱基替换饱和性分析表明，颠换未出现饱和现象，而转换在序列分化达到10%至15%时即到达饱和。

2、单倍型Hap33可能是由杂交引起的，排除此单倍型，种内个体间遗传距离在0%到2.02%之间，平均为0.46%，属内不同种个体间遗传距离在17.21%～32.24%之间，平均为24.96%，存在条形码间隙；11种缀锦蛤亚科贝类在邻接树和贝叶斯树上都独立的单系群。该研究表明，基于COI的DNA条形码技术能够将研究所涉及的约98%的缀锦蛤亚科贝类鉴定到种的水平，因此，利用DNA条形码技术可以对缀锦蛤亚科贝类进行有效地分类鉴定。关键词：缀锦蛤亚科;DNA条形码;COI序列;物种鉴定中图分类号：Q959.215;Q3491;Q951.3文献标志码：A文章编号：0254-5853-(2010)

3、04-0345-08COI-basedDNABarcodinginTapetinaeSpecies(Mollusca,Bivalvia,Veneridae)AlongtheCoastofCHINA*CHENJun,LIQi,KONGLing-Feng,ZHENGXiao-Dong,YURui-Hai(FisheriesCollege,OceanUniversityofChina,Qingdao266003,China)Abstract:DNAbarcodinghasexhibitedcharmingeffectivenessinspeciesdiagnosis,butsomestu

4、diessuggestedtheproportionoftaxathatcannotbebarcode-distinguishedwasstillhigh.Inthepresentstudy,theefficiencyoftheDNAbarcodingfordelimitingspeciesofsubfamilyTapetinaealongthecoastofChinawastested.FiftyoneoriginalCOIsequencesof11speciesinfivegenerawereanalyzed.Amongthesesequences,43haplotypeswe

5、reidentified.SaturationplotsgeneratedforDNAbarcoderevealedthattransitionsbecamesaturatedafter10%to15%sequencedivergence.However,transversionswerenotsaturated.ExcludingRuditapesvariegatahaplotypeHap33thatmightbetheresultofahybridizationevent,ourfindingshowedthatK2P-distancesbetweenconspecificseq

6、uencesvariedfrom0%to2.02%(0.46%onaverage),distancesbetweencongenericsequenceswerefrom17.21%to32.24%(24.96%onaverage),andallconspecificsclusteredtogetherinthephylogentictrees.TheproportionofindividualsthatcanbedistinguishedbyDNAbarcodingwasapproximately98%among51individualsanalyzedinthisstudy.Th

7、us,theresultsevidencedthatsubfamilyTapetinaespeciescanbeefficientlyidentifiedthroughtheuseofDNAbarcoding.Keywords:Tapetinae;DNABarcoding;COIsequences;Speciesidentification缀锦蛤亚科(Tapetinae)贝类隶属于软体动物门2001)。缀锦蛤亚科贝类很多种类形态可塑性很大，(Mollusca)双壳纲(