基于COⅠ的中国西施舌DNA条形码

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1、第3O卷第1O期水产科学VoL3ONo．1O201i年10月FISHERIESSCIENCE0ct．2011基于CO工的中国西施舌DNA条形码孟学平，高如承，申欣，郑雯雯，赵娜娜。，程汉良，田美(1．淮海工学院海洋学院，江苏省海洋生物技术重点实验室，江苏连云港222005；2．福建师范大学生命科学学院，福建福州350108；3．南京农业大学资源与环境科学学院；江苏省海洋生物重点实验室，江苏南京210095)摘要：以我国大连(DL)、日照(RZ)、启东(QD)、长乐(CL)、漳州(ZZ)和北海(BH)6个野生群体西施舌为研究对象，用引物LCO1490和HCO2198扩增线粒体

2、细胞色素C氧化酶亚基I(COI)基因片段序列，PCR产物双向测序，用ClustalX进行DNA序列比对，用MEGA4．1和PhyML软件构建NJ树和ML树，用Arlequin3．11软件进行分子方差分析，研究COI这一特定基因区段作为DNA条形码在识别西施舌地理群体的可行性和有效性。结果获得658bp的COI核苷酸片段，其T、C、A、G含量分别为42．4、14．8％、21．8、21．0％，A+T(64．2)含量明显高于G+C含量。变异位点占15．3(101／658)，其中简约信息位点占14．1。群体内遗传距离为0．0020～0．0043，群体问遗传距离为0．0024~0．0

3、883。群体间氨基酸序列无变异。长乐、漳州群体(DH组)与其他群体(HB组)间有显著的遗传分化(FS=0．956～O．970)。NJ树和ML树显示长乐、漳州群体聚为一支，北方的大连、日照、启东群体和南方的北海群体聚为置信度较高的另一支(BPN一99)，2支间的遗传距离为0．0837，是2支内群体间遗传距离的17．8～23．5倍。本研究结果表明，COI基因片段序列作为鉴定福建西施舌条形码是可行的，但不能将其余群体区别开来。关键词：西施舌；线粒体；COl；DNA条形码中图分类号：Q786文献标识码：A文章编号：1003—1l11(2011)10—0626—05西施舌(Coelo

4、mactra．antiquata)是一种海产条形码的基础。COI基因相对保守，有足够的变名贵经济贝类，营浅海埋栖生活，在我国的四大海异，序列长度合适，被广泛地用于动物遗传变异、系区沿海均有分布。近年来，由于过度捕捞和栖息环统发育分析及物种的鉴定[g]。近几年来DNA条形境的破坏，我国西施舌自然资源锐减[1]。西施舌种码技术受到广泛关注[1n]，但基于COI的西施舌质资源的保护和管理亟需其遗传学资料。有关西群体系统发育研究未见报道。为此，笔者研究分析施舌遗传结构及群体遗传差异的细胞色素b我国6个野生地理群体西施舌COI基因片段核苷(Cytb)L2]、扩增片段长度多态性(AFL

5、P)L3]、随机扩酸及其编码氨基酸序列差异，旨在了解中国典型地增多态性DNA(RAPD)【4]、核糖体16S核糖核酸理群体西施舌的遗传特征及群体问的遗传关系，探(16SrRNA)基因[5]、内转录间隔区1(ITS1)[6和细讨COI基因片段作为我国西施舌群体鉴定条形码胞色素C氧化酶亚基I(COI)[7的分析已有报的可行性，为西施舌资源保护和利用、科学管理及道，但取样范围不够广，因此，中国沿海西施舌遗传杂交育种提供资料。状况尚不明朗。上述研究显示福建西施舌与其他1材料与方法群体的差异显著，但是，这种差异属群体间还是种间差异，尚不能确定，需要一种有效、稳定、可靠、操1．1试验材

6、料作性强的分子标记来鉴定。本研究所用的西施舌样本分别采自辽宁大连DNA条形码技术是通过对一个标准目的基因(DL)、山东日照(RZ)、江苏启东(QD)、福建长乐的DNA序列进行分析从而进行物种鉴定的技术，(CL)和漳州(ZZ)、广西北海(BH)(图1)，共64个对于发现新物种，辨别已描述物种，标本的物种鉴个体，每个群体样本数8～21个。取斧足肌肉用定等工作非常有用。Hebert等于2003年首次提75乙醇固定，4℃保存备用。出DNA条形码的概念，对其物种分类和鉴定意义1．2试验方法基因组DNA提取采用张波等[1。]的方法。予以肯定，并建议利用COI的特定区段作为DNAPCR体

7、系：10×buffer和Mg(25retool／L)各2．5收稿日期：2010—12—2O；修回日期：2011—02—16．基金项目：江苏省自然科学基金资助项目(BK2007066，BK2008191)；国家“863”计划项目(2004AA603140)；江苏省海洋生物技术重点建设实验室开放],~(2005HS009，2OO9HS13)；江苏省教育厅自然科学基金资助项目(O5SJD24OO28)．作者简介：孟学平(1955一)，男，教授，研究方向：水生生物生化及分子生物学；E—mail：mxp2002(~hotma