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1、HEREDITAS(Beijing)2007年6月,29(6):668―674ISSN0253-9772www.chinagene.cn综述DOI:10.1360/yc-007-0668贝叶斯统计在QTL作图中的应用研究进展敖雁,朱明星,徐辰武扬州大学江苏省作物遗传生理重点实验室,扬州225009摘要:在许多复杂情况下,贝叶斯统计方法比经典数理统计方法能更直接解决问题,且可有效整合部分先验信息,但其需要高强度计算的特性曾限制了其广泛应用。近几十年来,随着高速计算机的发展以及MCMC算法的不断提出,贝叶斯方法已被用于群体遗传学、分
2、子进化、连锁作图和数量遗传学等研究领域,文章综述了数量遗传学中QTL作图的贝叶斯方法从简单到复杂的发展历程。关键词:贝叶斯统计;QTL作图;进展AdvancesinresearchesonapplicationofBayesianmethodstoQTLmappingAOYan,ZHUMing-Xing,XUChen-WuJiangsuProvincialKeyLaboratoryofCropGeneticsandPhysiology,YangzhouUniversity,Yangzhou225009,ChinaAbstract
3、:Inmanycases,Bayesianmethodscansolveproblemsofinterestmoredirectlythanaclassicalapproach.Itsutilityliesontheincorporationofpriorinformation.Inrecentyears,withthedevelopmentofhigh-speedcomputerandadvancesofMCMCalgorithm,Bayesianmethodshavebeenemployedinmanygeneticarea
4、s,suchaspopulationgenetics,molecularevolution,linkagemapping,andquantitativegeneticsandsoon.Inthisreview,wereviewedthedevelopmentofBayesianapproachesforquantitativetraitlocus(QTL)mappinginquantitativegenetics.Keywords:Bayesianstatistics;QTLmapping;advance贝叶斯概率是复杂事件的条
5、件概率,由之发展作图中研究进展的报道。本文综述了QTL作图从单起来的贝叶斯统计学在现代统计学、决策学、生态标记分析到多标记分析;从单QTL模型到多QTL模学、医疗诊断学、分子生物学和数量遗传学等领域型;从分析信息完全数据到分析信息不完全数据;都已有着广泛的应用,并已成为这些学科领域中一从利用双亲本杂交衍生的分离群体到利用多亲本衍[1~4]些重要原理和方法的依据之一。国际上有关贝叶生的分离群体;从区间作图到多区间作图;从加性斯统计在数量遗传学上的应用研究早已开展,多见—显性模型到加性—显性—上位性模型的贝叶斯统于人类[5,6],植
6、物上相对较少[7,8]。而在国内,汤在祥计方法的发展历程。[9]等探讨过贝叶斯统计在遗传连锁分析中的应用,1QTL作图包括遗传重组率的贝叶斯估计、遗传连锁的贝叶斯[10]因子检验和基于马尔可夫链蒙特卡罗理论的遗传连QTL作图,就是根据标记基因型和数量性状锁图谱构建,但还未见有关贝叶斯统计方法在QTL表现型,应用一定的统计方法,在遗传连锁图上标收稿日期:2006-10-20;修回日期:2006-12-22基金项目:国家自然科学基金(编号:30270724和30370758)资助[SupportedbyNationalNatural
7、ScienceFoundationofChina(No.30270724,30370758)]作者简介:敖雁(1974−),女,达斡尔族,讲师,在职博士生,研究方向:数量遗传学通讯作者:徐辰武(1965−),男,教授,博士生导师,研究方向:生物统计学和统计基因组学。Tel:0514-7979358;E-mail:qtls@yzu.edu.cn第6期敖雁等:贝叶斯统计在QTL作图中的应用研究进展669定有关QTL的位置,并估计其效应。其基本统计方法在大部分情况下,贝叶斯统计的后验分布没有称为标记性状关联分析(marker-trai
8、tassociation一个明确的形式,因此较难估计,一般运用Markov[10]analysis)。其基本原理是:如果在某标记座位M附chainMonteCarlo(MCMC)算法或其它计算技术从[16,17]近有着一个影响某性状数量大小的QTL,则在该M后验
