DNAstar软件包的使用

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1、DNAstar软件包的使用第三军医大学微生物学教研室朱军民OverviewDNASTARdevelopsandsupportsthebestsequenceanalysissoftwareforlifescientistsinPharmaceutical,Biotechnology,AcademicandGovernmentOrganizationsworldwide.DNASTAR软件包EditSeqGeneQuestMapDrawMegAlignPrimerSelectProteanSeqManEditSeqEditandimportseque

2、ncesandannotationsTranslate,back-translateandreversecomplementsequencesLocateORFsandcreateannotationsCut/pastesequencewithinclusiveannotationsEditSeqincludedwithallsystemsGeneQuestDiscoverandannotategenesPredictcodingregionsandsplicesitesLocaterepeats,patterns,orareasmatchingk

3、nownsequencedataSimulateagarosegelelectrophoresisMapDrawLocaterestrictionsitesCreatesixtypesoflinearandcircularmapsViewallsixreadingframeswithsitesandfeaturesMegAlignAlignDNAandproteinsequencesPerformpairwise,multipleanddotplotalignmentsCreatephylogenetictreesGeneratesubalignm

4、entsCustomizealignmentdisplaysPrimerSelectDesignprimersorcompareyourownprimersagainstasequencetemplateAnalyzeprimersforhairpinsanddimersViewtheconsequencesofprimermutationsProteanPredictproteinstructuresViewPAGEsimulationsAnalyzephysico-chemicalpropertiesDisplayresultsgraphica

5、llySeqManAssemblesequencesTrimpoordataandremovevectorManageandordercontigsLocatepotentialSNPsVisualizetracesandcomparetwoconsensuscalls一、EditSeqEditSeq是能够迅速、正确地输入，并且修改DNA或蛋白质序列工具。每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序列的注释。SequenceEntryandExportEditSeq能读取大部分的序列格式—

6、—包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外，序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复制、粘贴得到。经Entrez或BLAST检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。EditingandAnalysis序列被打开后，EditSeq能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻译，寻找开放读框，还可以进行阅读校对。另外，EditSeq能以GenBank，FASTA和GCG格式输出序列。1.打开已有序列在Windows里打开“tethis21.seq”。从文件菜单（

7、FILEMENU），选择Open。打开文件夹单击选定序列“TETHIS21”。当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。2.寻找开放读框在这一部分中，我们将确定序列中的ORF，并翻译它。从SEARCHMENU找到ORF，点击打开会出现下边的对话框。单击FindNext寻找第一个ORF的位置。继续点击FindNext直到你把ORF的位置选定在某一位置。ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。3.DNA序列翻译对ORF进行翻译，当然任何序列中的读框内部分（三联）都可以用下面的方法进行翻译。选定ORF，从GOODIESMENU菜单中选择

8、翻译（Translate）。翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中（如下图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。4.序列的