dnastar[1]说明书

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1、生命经纬www.biox.cnDNAStar中文使用说明书编者：宋晨一、EditSeq......................................................................................................................................2三、MapDraw........................................................................

2、........................................................23四、MegAlign................................................................................................................................32五、PrimerSelect...............................................

3、.............................................................................42六、Protean....................................................................................................................................54七、SeqManII开始.........................

4、..............................................................................................641生命经纬www.biox.cn一、EditSeq打开已有序列我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“tethis21.seq”开始。假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq打开序列的同时，用SetEnds命令去除5’和3’污染序列。z从文件菜单（FILEMENU），选择Open。z

5、打开文件夹“DemoSequences”单击选定序列“TETHIS21”。z单击位于对话框右下角的SetEnds按钮。SetEnds被打开（如右）。z在5’框和3’框中键入50和850，点击OK。单击Open打开序列。当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。通过“settingends,”现在你只有最初序列中的801bp的片段。SetEnds选择在全部Lasergene应用程序中都可以使用。2生命经纬www.biox.cn寻找开放读框在这入门的一部分中，我们将确定序列中最大的ORF，并翻译它。z从SEA

6、RCHMENU找到ORF，点击打开会出现右边的对话框。z单击FindNext寻找第一个ORF的位置。z继续点击FindNext直到你把ORF的位置选定在位置183-455。ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。DNA序列翻译这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF，不过任何序列中的读框内部分都可以用下面的方法进行翻译。如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。如果3生命经纬www.biox.cn你的选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp，以使

7、所选序列成为三的倍数。z选定ORF，从GOODIESMENU菜单中选择翻译（Translate）。z翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中（如右图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。4生命经纬www.biox.cn使用其它遗传密码根据你的序列的来源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中，我们将标准的遗传密码转换成CiliateMacronuclear密码。z从GOODIESMENU菜单选择GeneticCodes打开，子菜单显示如左。z单击“CiliateMacronuclear”就实现了遗传

8、密码的转换，EditSeq现在使用的就是CiliateMacronuclear的遗传密码。z同样可以将遗传密码转换为其它类型。遗传密码的编辑这一节中我们修改CiliateMacronuclear的遗传密码。z从GOODIESMENU菜单选择EditSelectedCode。这将打开右面的窗口，窗口显示遗传密码是怎样翻译DNA和RNA序列的。z如以DNA形式展示密码，点击D