dnastar中文使用说明书

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1、从EditSeq开始EditSeq是能够迅速、正确地输入，并且修改DNA或蛋白质序列工具。每个EditSeq文件都可以分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中间的一部分里是评论，底部是序列的注释。EditSeq能读取大部分的序列格式——包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜单命令或拖拽方式输入序列文件。另外，序列也许通过使用键盘输入，或者从其他地方复制 、粘贴得到。经Entrez或BLAST检索得到的序列可以直接从因特网或企业内部互联网服务器下载。序列被打开后，EditSeq

2、能使用标准或者指定的遗传密码进行翻译，或者反翻译，寻找开放读框，还可以进行阅读校对。另外，EditSeq能以GenBank，FASTA和GCG格式输出序列。如果在使用这软件中需要帮助，可以和DNASTAR联络。电话：（608）258-7420，传真：（608）258-7439，电子信件：support@dnastar.com，或者经http://www.dnastar.com.内容打开已有序列23寻找开放读框24DNA序列翻译24遗传密码选择使用25遗传密码修改25序列的反向互补及反向转换26BLAST检索27序列信息查

3、看28序列校读29序列的保存与输出29打开已有序列我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“tethis21.seq”开始。假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq打开序列的同时，用SetEnds命令去除5’和3’污染序列。l从文件菜单（FILEMENU），选择Open。l打开文件夹“DemoSequences”单击选定序列“TETHIS21”。l单击位于对话框右下角的SetEnds按钮。SetEnds被打开（如右）。l在5’框和3’框中键入50和850，点击OK。单击Open打开

4、序列。当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。通过“settingends,”现在你只有最初序列中的801bp的片段。SetEnds选择在全部Lasergene应用程序中都可以使用。寻找开放读框在这入门的一部分中，我们将确定序列中最大的ORF，并翻译它。l从SEARCHMENU找到ORF，点击打开会出现右边的对话框。l单击FindNext寻找第一个ORF的位置。l继续点击FindNext直到你把ORF的位置选定在位置183-455。ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。DNA序列翻译这一节中我们介绍

5、如何翻译我们的ORF，不过任何序列中的读框内部分都可以用下面的方法进行翻译。如果你的选择是在三联码的读框内，三联码指示棒显示为实心黑线（如左图）。如果你的 选择是不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp，以使所选序列成为三的倍数。l选定ORF，从GOODIESMENU菜单中选择翻译（Translate）。l翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中（如右图）。它是使用标准的遗传密码翻译的。使用其它遗传密码根据你的序列的来源，你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中，我们将标准的遗

6、传密码转换成CiliateMacronuclear密码。l从GOODIESMENU菜单选择GeneticCodes打开，子菜单显示如左。l单击“CiliateMacronuclear”就实现了遗传密码的转换，EditSeq现在使用的就是CiliateMacronuclear的遗传密码。l同样可以将遗传密码转换为其它类型。遗传密码的编辑这一节中我们修改CiliateMacronuclear的遗传密码。l从GOODIESMENU菜单选择EditSelectedCode。这将打开右面的窗口，窗口显示遗传密码是怎样翻译DNA和R

7、NA序列的。l如以DNA形式展示密码，点击DNA按钮。l编辑时，单击任何要编辑的密码，从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。l如使用不同的启始密码子，单击SetStarts按钮。第二的遗传密码窗就会被打开，可以进行起始密码子选择。l单击任何氨基酸（或者codon位置），该密码子就会变成绿色，而且旁边出现一个箭头，它就被设定为起始密码子了。如要去除，只需单击它即可。如不保存，则单击取消；如要保存，单 击保存为。序列的反向互补及反向转换下面的步骤可以用于反向测定的序列的正确输入。l选定序列。l从GOODIESMENU菜单

8、，选反向互补序列（ReverseComplement），或者把序列颠倒过来（ReverseSequence）命令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。BLAST检索下面我们将在NCBI的BLAST服务器上对TETHIS21序列进行相似性比较。注意为了进行BLAST查找必须保证因特网的连接。如果你没有连接因特网，跳