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《DNA提取方法对苎麻脱胶菌群PCR_DGGE结果偏移的影响_黄鹏》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。
1、基因组学与应用生物学，2010年，第29卷，第6期，第1184-1191页GenomicsandAppliedBiology,2010,Vol.29,No.6,1184-1191技术改进UpgratedTechnologyDNA提取方法对苎麻脱胶菌群PCR-DGGE结果偏移的影响黄鹏陈洪高*饶维桥曾庆福武汉纺织大学纺织印染清洁生产教育部工程中心,武汉,430071*通讯作者,honggao_chen@wtu.edu.cn摘要为筛选和优化出较适宜的苎麻脱胶菌群DNA提取方法，本文分别以来自苎麻沤麻环
2、境的6种纯培养菌等丰度混合物和苎麻自然沤麻菌群为材料，研究“溶菌酶-SDS”法、“超声波-溶菌酶-SDS”法、“蛋白酶K-SDS”法以及“冻融-蛋白酶K-SDS”法4种DNA提取方法对菌群16SrDNA基因PCR-DGGE偏移结果的影响。结果表明，4种方法均能从2类材料中提取出了超过1600ng/μL的DNA，不同方法之间DNA产率略有差异，经过超声波处理或反复冻融处理的DNA有明显的降解，但4种方法提供的DNA模板均扩增出了450bp的16SrDNA基因片段。4种DNA提取方法对DGGE结果有明
3、显影响，且只有“冻融-蛋白酶K-SDS”法检测到了纯培养菌混合物中的全部6种细菌，4种方法获得的自然沤麻菌群的DGGE指纹图谱也明显不同，最多产生17条带(“冻融-蛋白酶K-SDS”法)，最少只有9条带(“溶菌酶-SDS”法)，增加超声波或冻融等物理处理可以使部分弱带变强。因此，组合应用物理、生物和化学等细胞裂解方法可以提供更有代表性的DNA，可减少PCR-DGGE结果的偏移。关键词苎麻脱胶菌群,DNA提取方法,DGGE指纹,偏移OntheInfluenceofDNAExtractionfromR
4、amieRettingMicrobialCommu-nityforBiasofPCR-DGGEResultHuangPengChenHonggao*RaoWeiqiaoZengQingfuEngineeringResearchCenterforCleanerProductionofTextileDyeingandPrintingMinistryofEducation,WuhanTextileUniversity,Wuhan,430071*Correspondingauthor,honggao_ch
5、en@wtu.edu.cnDOI:10.3969/gab.029.001184AbstractInordertoscreenandoptimizebetterDNAextractionmethodsforramierettingcommunity,inthispa-per,wecollectedacompositebacterialgroupmixedbysixbacterialspeciesandanaturalmicrobialgroupfromramierettingenvironmentt
6、oinvestigatethepossiblebiasofthePCR-DGGEfingerprintin16SrDNAby4DNAextractionmethodsincluding“lysozyme/SDS”,“ultrasound/lysozyme/SDS”,“proteinaseK/SDS”and“freez-ing-thawing/proteinaseK/SDS”,respectively.TheresultsshowedthattheconcentrationsofextractedD
7、NAbyfourmethodsfromtwomaterialswereallmorethan1600ng/μLwithalittlediscrepancyforDNAyieldamongthefourmethods.However,DNAtailswereobservedobviouslywhenultrasonicorrepeatedfreezing-thawingwereusedinDNAextractingprocess,andtheexpectedfragmentsabout450bpwe
8、reobtainedfromDNAmodelsextractedbyfourmethodsfromthetwomaterials.TheresultsalsodisplayedthattherewassignificanteffectonDGGEbythefourDNAextractionmethods,butonlyonecompositebacterialgroupDGGEfingerprintsgeneratedfromgenomicDNAmodelprovidedby“fr
