真核生物基因结构的预测分析方法(软件)

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1、1实习二真核生物基因结构的预测分析浙江加州国际纳米技术研究院2010年11月苏锟楷楼小燕韩序蒋琰2实习一基因组数据注释和功能分析实习二真核生物基因结构的预测分析实习三芯片的基本数据处理和分析实习四蛋白质结构与功能分析实习五蛋白质组学数据分析实习六系统生物学软件实习课程内容基因组学转录物组学蛋白质组学系统生物学3基因组序列cDNA序列编码区预测CodonbiasGCContent限制性酶切位点基因结构分析选择性剪切转录调控因子序列比对功能注释KEGGGO系统发育树蛋白质序列翻译蛋白质理化性质二级结构预

2、测结构域分析重要信号位点分析三级结构预测基因组功能分析4真核生物基因的主要结构5基因结构分析开放读码框GENSCANGENOMESCANCpG岛CpGPlot转录终止信号POLYAH启动子/转录起始位点PromoterScan密码子偏好分析CodonWmRNA剪切位点NETGENE2Spidey选择性剪切ASTD基因结构分析常用软件6开放读码框的识别开放读码框（openreadingframe,ORF)是一段起始密码子和终止密码子之间的碱基序列ORF是潜在的蛋白质编码区7基因开放阅读框/基因结构分析

3、识别工具ORFFinderhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.htmlNCBI通用BestORFhttp://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=bestorf&group=programs&subgroup=gfindSoftberry真核GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.htmlMIT脊椎、拟南芥、玉米GeneFinderhttp://rulai.cshl.org/tools/

4、genefinder/Zhanglab人、小鼠、拟南芥、酵母FGENESHhttp://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfindSoftberry真核(基因结构)GeneMarkhttp://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/eukhmm.cgiGIT原核GLIMMERhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/

5、glimmer_3.cgihttp://www.cbcb.umd.edu/software/glimmerMaryland原核Fgeneshttp://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenes&group=programs&subgroup=gfindSoftberry人（基因结构）FgeneSVhttp://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=virus&group=programs&subgroup=gf

6、indvSoftberry病毒Generationhttp://compbio.ornl.gov/generation/ORNL原核FGENESBhttp://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesb&group=programs&subgroup=gfindbSoftberry细菌（基因结构）GenomeScanhttp://genes.mit.edu/genomescan.htmlMIT脊椎、拟南芥、玉米GeneWise2http://www.

7、ebi.ac.uk/Wise2/EBI人GRAILhttp://grail.lsd.ornl.gov/grailexp/ORNL人、小鼠、拟南芥、果蝇8ORF识别：GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html结果返回到邮箱（可选）提交序列提交序列文件运行GENSCAN显示氨基酸或CDS序列序列名称（可选）是否显示非最优外显子选择物种类型99GENSCAN输出结果：文本1010GENSCAN输出结果：图形11ORF识别：GenomeScan提交待分析序列提交同源蛋白

8、质序列运行GenomeScanhttp://genes.mit.edu/genomescan.html12GenomeScan输出结果：文本预测外显子位置、可信度等信息同源比对信息预测结果的氨基酸序列13GenomeScan输出结果：图形14课堂练习1使用GENESCAN预测序列中可能的ORF。2使用GENOMESCAN预测序列中可能的ORF。练习用的序列文件在c:zcnishixi2文件下，名字为clone.fasta，使用写字板打开查看。15转录调控序列分析C