荷斯坦牛致死单倍型（HH1、HH3、HH4和HH5）基因检测技术规程（定稿）

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1、ICS65.020.01B40DB37山东省地方标准DB37/TXXXXX—XXXX荷斯坦牛致死单倍型（HH1、HH3、HH4和HH5）基因检测技术规程Codeofpracticeformoleculardetectionoflethalhaplotypes(HH1,HH3,HH4andHH5)inHolsteinXXXX-XX-XX发布XXXX-XX-XX实施山东省市场监督管理局发布DB37/XXXXX—XXXX目次前言II1范围12规范性引用文件13术语和定义14检测原理24.1荷斯坦牛致死单倍型HH1、HH3和HH4

2、的检测24.2荷斯坦牛致死单倍型HH5的检测25主要试剂26主要仪器设备27检测方法27.1样本采集27.2DNA提取27.3DNA浓度和纯度检测37.4引物序列37.5PCR扩增37.6PCR产物琼脂糖凝胶电泳检测37.7测序分析38结果判定38.1致死单倍型HH1测序结果判定与表述38.2致死单倍型HH3测序结果判定与表述48.3致死单倍型HH4测序结果判定与表述48.4致死单倍型HH5扩增条带判定与表述59废弃物的处理510检测过程中防止交叉污染的措施5附　录　A（资料性附录）主要试剂6附　录　B（资料性附录）主要仪

3、器设备7附　录　C（规范性附录）PCR扩增产物910DB37/XXXXX—XXXX前言本标准按照GB/T1.1—2009给出的规则起草。本标准由山东省畜牧兽医局提出并监督实施。本标准由山东省畜牧业标准化技术委员会归口。本标准起草单位：山东省农业科学院奶牛研究中心、山东省畜牧总站、威海市畜牧兽医局、山东奥克斯畜牧种业有限公司、江苏省农业科学院畜牧研究所。本标准主要起草人：黄金明、鞠志花、王秀革、张思聪、赵国清、高亚平、魏晓超、姜强、刘文浩、张亚冉、李荣岭、李建斌、高运东、曲绪仙、侯明海、仲跻峰。10DB37/XXXXX—XX

4、XX荷斯坦牛致死单倍型（HH1、HH3、HH4和HH5）基因检测技术规程1　范围本标准规定了荷斯坦牛四种致死单倍型（HH1、HH3、HH4和HH5）的检测方法和结果判定。本标准适用于荷斯坦牛四种致死单倍型（HH1、HH3、HH4和HH5）的检测与诊断。2　规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅所注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB/T6682　分析实验室用水规格和试验方法GB/T19495.2—2004　转基因产品检测　实验

5、室技术要求GB/T27642—2011　牛个体及亲子鉴定微卫星DNA法NY/T1672—2008　绵羊多胎主效基因FecB分子检测技术规程NY/T2695—2015　牛遗传缺陷基因检测技术规程DB37/T2037—2012　牛白细胞黏附缺陷症（BLAD）基因分子检测技术规程3　术语和定义下列术语和定义适用于本文件。3.1　荷斯坦致死单倍型1　Holsteinlethalhaplotype1，HH1由牛第5号染色体的凋亡蛋白酶激活因子1（Apoptoticprotease-activatingfactor1，APAF1）基因

6、产生的终止突变（g.63150400C＞T；rs448942533；牛参考基因组UMD3.1）引起的一种隐性遗传缺陷。当突变等位基因纯合时，个体致死，大多数表现为妊娠早期流产，不易被观察，在健康奶牛群体中无纯合的HH1单倍型。3.2　荷斯坦致死单倍型3　Holsteinlethalhaplotype3，HH3由牛第8号染色体的染色体结构维持2（Structuralmaintenanceofchromosomes2，SMC2）基因一个错义突变（g.95410507T＞C；rs456206907；牛参考基因组UMD3.1）引起

7、的一种隐形遗传缺陷，与乳蛋白、繁殖年限、青年牛受胎率、母牛受胎率有关,当突变的等位基因纯合时致死。3.3　荷斯坦致死单倍型4　Holsteinlethalhaplotype4，HH410DB37/XXXXX—XXXX由牛1号染色体的磷酸核糖甘氨酰胺转甲酰基酶（Phosphoribosylglycinamideformyltransferase,GART）基因的一个错义突变（g.1277227A＞C；rs465495560；牛参考基因组UMD3.1）引起的隐性遗传缺陷。HH4导致流产，与产奶、乳蛋白和繁殖力有关，无纯合子个体

8、。1.1　荷斯坦致死单倍型5　Holsteinlethalhaplotype5，HH5由牛9号染色体的线粒体转录因子B1（TranscriptionfactorB1,mitochondrial,TFB1M）基因缺失138.348kb的区域（93232651bp至93370998bp；牛参考基因组UMD3