基于微卫星的黄喉拟水龟亲子鉴定技术的建立及应用

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1、学校代码：10264研究生学号：M120101037上海海洋大学硕士学位论文基于微卫星的黄喉拟水龟亲子鉴定技术题目：的建立及应用Developmentandapplicationofthetechnologyofparentageassignmentfor英文题目：Mauremysmuticabasedonmicrosatellite专业：水产养殖研究方向：种质资源与遗传育种姓名：文萍指导教师：朱新平研究员二O一五年四月二十日上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。

2、除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海水产大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文

3、作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注桂建芳中国科学院水生生物研究所研究员主席中国水产科学研究院罗建仁研究员委员珠江水产研究所洪一江南昌大学生命科学学院教授委员胡成钰南昌大学生命科学学院教授委员余祥勇广东海洋大学水产学院教授委员中国水产科学研究院史燕副研究员秘书珠江水产研究所上海海洋大学硕士学位论文基于微卫星的黄喉拟水龟亲子鉴定技术的建立及应用摘要黄喉拟水龟（Mauremysmutica）是一种集食用、药用、观赏于一身的高值淡水龟类。由于经济开发造成生境破坏以及人为过度捕捞等因素的影响，黄喉拟水龟

4、野生种群数量急剧下降，已被国家列为濒危物种。近年黄喉拟水龟的市场需求量越来越大，催生了黄喉拟水龟的人工养殖，并且养殖规模越来越大，已成为龟类养殖的热门种类之一。由于黄喉拟水龟性成熟时间较长，需要5年左右，产卵较少，一只母龟平均获苗3-4个，导致苗种供应严重不足，制约了养殖规模的进一步发展。因此，如何提高黄喉拟水龟的繁殖力是养殖行业目前急需解决的问题。本实验室近几年致力于提高黄喉拟水龟繁殖力的研究，而高繁殖力黄喉拟水龟品系选育是其中的一个研究方向。母龟繁殖力的高低需要由其后代数量来确定，而由大群体自由交配产生的后代其系谱难以确定，导致后续工作难以开展。因此，我们开发了基

5、于微卫星的黄喉拟水龟亲子鉴定技术。本实验以132只同龄的黄喉拟水龟父母本，及其在2013、2014两年产的子代为实验材料，利用开发的微卫星标记构建多重PCR体系，进行遗传多样性和母龟与子代间的亲缘关系鉴定研究，根据鉴定结果确定繁殖力较高的黄喉拟水龟母龟个体，为高繁殖力亲本选育奠定基础。具体研究内容包括以下三方面：1.黄喉拟水龟微卫星引物的设计与筛选根据本实验室所测转录组数据中的微卫星序列设计44对微卫星引物，另外引用发表文献中的6对微卫星引物，共合成50对微卫星引物，对黄喉拟水龟亲本基因组DNA进行PCR扩增，共有34对引物的PCR产物条带清晰，且特异性较好。用包含3

6、0个个体的黄喉拟水龟亲本随机群体检测该34对微卫星引物多态性，其中6对引物在该随机群体中只有1个等位基因，其他28对引物的等位基因数均在4个及以上。该28个微卫星位点共检测到284个等位基因，单个位点等位基因数（Na）介于4-21之间，平均等位基因数10.1；多态信息含量（PIC）介于0.337-0.922之间，平均值为0.717，其中22个微卫星位点PIC>0.5，表现为高度多态性，另外I上海海洋大学硕士学位论文6个微卫星位点PIC>0.25表现为中度多态性；观测杂合度（Ho）介于0.333-0.967之间，平均值为0.678；期望杂合度（He）介于0.396-0.

7、942之间，平均值为0.754。无效等位基因频率均介于-13.63-43.31%之间。2.微卫星多重PCR体系的建立及其遗传多样性分析选用其中16对引物用于建立多重PCR，通过选择引物组合，以及优化引物浓度比例、退火温度、循环数、荧光接头浓度等反应参数，成功构建了两个均含8个微卫星位点的多重PCR体系。体系1包含的位点为：sg8、mmu13、mmu1、mmu7、mmu2、sg10、mmu3、mmu4，其混合比例为5：8：8：10：2：6：2：11；反应退火温度为57.5℃，循环次数为22；荧光接头浓度为2μmol/L。体系2包含的位点为sg3、sg1