全基因组乳腺癌dna甲基化与基因表达关联模式

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1、Ｉ巧祭拓拽似每圓硕±学位论文！．參Ｉ＾全基因组ｆＬ滕癌ＤＮＡ甲基化与基因表达关联模式｜Ｈ＇ａＨ＾？■作者姓名殷黎详指导教师姓名、职琼杨看谈副纖申请学位类别工学硕±西安电子科技大学学位论文独创性（或创新值）声明秉承学校严谨的学风和优良的科学逍德，本人声明所呈交的论文足我个人在导师指导下进行的研巧工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加标注和致谢中所罗列的内容化外，论文中不包含其他人己经发表或撰写过的研究成果；也不包

2、含为获得西安电子科巧大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料一。与我同Ｘ作的同事对本研究所做的任何巧献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。学位论义若有不实之处－，本人承担切法律责任。以本人签名：艇歡日期／诗＾个阁：人．洋？叫西安电子科技大学关于论文使用授权的说明本人完全／解西安电子科技大学有关保留和使用学位论文的规左，即；研光生巧校攻巧学位期间论文Ｘ作的知识产权馈于西安电子科技火学。学校有权保巧送交论文的复印件，允许杳阅、借阅论文；学校可Ｗ公布论文

3、的全部或部分的容，允许采用駭印、缩印或巧它复制乎段保存论文。同时本人保证，结合学位论文研究成来完成的论，文、发明专刺等成果署么单位为西安电子巧。科大学保密的学位论文任年解密后适本授权。＿＿Ｗ书？兩：叛弹本人签名篡：韦＿导师签名作口：，／Ｋ：，蝴１每Ｐ＞斯立撕ＩＷｊ日朋／户］２宇学校代码10701学号1303121750分类号TP39密级公开西安电子科技大学硕士学位论文全基因组乳腺癌DNA甲基化与基因表达关联模式作者姓名：殷黎洋一级学科：计算机科学与技术二级学

4、科：计算机应用技术学位类别：工学硕士指导教师姓名、职称：杨利英副教授学院：计算机学院提交日期：2015年12月ThecorrelationpatternsbetweenDNAmethylationandgeneexpressionofbreastcanceronthewholegenomeAthesissubmittedtoXIDIANUNIVERSITYinpartialfulfillmentoftherequirementsforthedegreeofMasterinComputerAppli

5、cationTechnologyByYinLiyangSupervisor:YangLiyingAssociateProfessorDecember2015摘要摘要乳腺癌是一种严重威胁女性健康的恶性肿瘤，其发病率逐年上升并且具有发病者年轻化的趋势，但是其发病机制却并不清晰，因此对于乳腺癌的研究非常必要。近年来的研究发现乳腺癌的发生是一个多因素综合作用累积的结果，作为一种重要的表观遗传机制，DNA异常甲基化在乳腺癌中非常常见，且往往导致乳腺癌关键基因的表达异常，对乳腺癌的发生发展具有关键性的调节作用

6、。目前在乳腺癌的DNA异常甲基化的研究方面，大部分都是针对单个基因或基因不同区域的DNA甲基化模式的研究，对DNA甲基化与基因表达之间关系的研究并不多，也不够深入和详细，更没有从全基因组的角度来对DNA甲基化与基因表达之间的关系进行全面系统的分析。因此，针对目前研究上存在的不足，本文在全基因组的层面上对乳腺癌DNA甲基化与基因表达之间的关联模式进行了探讨，主要取得的创新性成果如下：1.针对全基因组上DNA甲基化与基因表达数据的高维性和关系的复杂性，本文提出了一种基于差异化分析和聚类的DNA甲基化与

7、基因表达关系分析方法。该方法首先应用SAM差异分析方法筛选出差异表达基因和差异甲基化的CpG位点；然后利用AP聚类算法先对差异甲基化的CpG位点根据相似性聚类形成多个甲基化簇，再针对每个甲基化簇对应的基因表达数据利用AP聚类形成多个基因表达簇，即得到多个甲基化簇和多组基因表达簇；最后对相应簇的甲基化数据和基因表达数据进行组合即得到两者之间的多种关联模式。在上述聚类过程中，该方法通过迭代和设置阈值的方式来避免得到过多的聚类，通过取聚类簇的均值作为簇代表模式的方式来降低计算复杂性。同时该方法可以根据需

8、要调整差异分析方法和聚类方法，具有良好的扩展性。2.本研究对全基因组上乳腺癌DNA甲基化与基因表达的关联模式进行分析发现，得到的关联模式具有显著特点。首先，各类别中的患病样本与正常样本之间存在明显差异性，可基本区分开。其次根据患病样本与正常样本的差异性区别得到的八个类别中，DNA甲基化与基因表达的关联模式具有类间显著不同，类内大致相似的趋势。最后，每个大类中，DNA甲基化与基因表达之间的关联模式存在着微小的差异，类内各关联模式的主要区别在于其甲基化水平和基因表达水平值的分布范围。3