食管癌基因组dna甲基化模式研究

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1、分类号：R18密级：题单位代码：学号：1031220111181南京医针犬掌硕士学位论文作者姓名：食管癌基因组DNA甲基化模式研究徐若冰指导教师：王建明副教授学科专业：流行病与卫生统计学学院名称：南京医科大学公共卫生学院完成时间：二。一四年四月南京医科大学学位论文原创性声明本人郑重声明：所呈交的论文是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除了文中特别加以标注引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写的成果作品。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律后果由本人承担。作者签名：

2、≤袋菇么b日期：矽蛑石月<日导师签名日期：妇，晦乡月舻日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权南京医科大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。本学位论文属于(请在以下相应方框内打“、／”)：1、保密口，在年解密后适用本授权书。2、不保密口。作者签名：乒再荔、尉L日期：沁，切年‘月6Et导师签名日期：。b，畛年／月彦日目录中文摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

3、⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯1Abstract．⋯．⋯．⋯⋯⋯．⋯．⋯⋯⋯．⋯．⋯⋯．⋯．⋯．⋯⋯．⋯⋯⋯．．⋯．．⋯．⋯⋯．⋯．⋯．．⋯．⋯．3对象与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯9结果⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯26讨{念⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．54总结⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．58文献综述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．68附录一、常用名词缩略语⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．90

4、附录二、硕士研究生期间发表文章⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．91附录三、相关试剂配置方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．92致谢⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯94南京医科大学硕士学位论文食管癌基因组DNA甲基化模式研究南京医科大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系研究生徐若冰导师王建明副教授中文摘要背景：发生在富含CG岛的基因启动子区异常甲基化可导致基因转录受抑，蛋白表达减少，功能下降甚至丧失。肿瘤发生时，一般呈现全基因组低甲基化而特异基因超甲基化的现象。既往研究发现抑癌基因启动子区异常甲基化与食管癌等恶性肿瘤的发生、发展存在

5、显著关联。由于DNA甲基化模式具有肿瘤特异性，即不同类型的肿瘤可能存在不同的DNA甲基化谱，通过识别DNA异常甲基化谱并构建特异文库可以作为肿瘤诊断和预后评价的生物标志物。传统DNA甲基化检测需要组织标本，给应用转化带来困难。外周血中存在的游离DNA(cellfreeDNA)的遗传特征、甲基化模式与对应的肿瘤组织高度一致，有希望成为疾病诊断、疗效评估及预后预测的分子标志物。本次研究拟通过比较食管癌组织特异基因甲基化水平及其与血浆游离DNA的一致性，构建抑癌基因DNA甲基化谱，探讨血浆循环DNA甲基化作为食管癌早期诊断用生物标志物的可行性。方法：采用Il

6、lumina公司生产的450K甲基化芯片检测DNA甲基化，样本来自食管鳞状细胞癌组织、同一病例食管远端切口边缘正常组织及“健康”人群的正常食管粘膜组织。按甲基化B差值和差异分值筛选异常高基化位点，基于GO(GeneOmology)分析和KEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)分析反映基因生物功能聚类情况，根据极端P值排在前300的位点结合排在前十位的GO功能和KEGG通路的分析、Genecards数据库和文献报道，筛选出10个用于后续验证的差异甲基化位点。一进一步扩大样本采用EpiTYPERDNA甲基南京医科大学

7、硕士学位论文化时间飞行质谱技术对食管鳞状细胞癌组织、配对血浆进行甲基化定量检测，验证癌组织与血浆游离DNA甲基化的一致性。结果：癌组织和癌旁组织具有相似的甲基化模式。癌组织中高甲基化位点主要分布在CG岛，低甲基化位点主要分布在非CG岛；高甲基化位点主要分布在启动子区，低甲基化位点主要分布在非启动子区域，但是这一现象随着筛选阈值的改变而改变。基于前300位P值以及GO、KEGG分析并且交集获得10个抑癌基因：ADAMTS9、AIM2、CASZl、CDHl3、EBF3、ING2、IQGAP2、KLF6、TMEFF2初豫盯，用于后续验证。采用飞行质谱技术10

8、个基因的38个CG位点，所有位点平均甲基化水平在外周血浆游离DNA中最高，然后是癌组织和正常对