茸毛偃麦草1st染色体上重复序列分析与特异分子标记开发

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1、ＩＬＴ＼Ｃ１ｒｖ７ｆ７Ｄｄ！Ａ！）承每山４香｝ＡＥＣＴＲＯＮＩＣＳＣｉＥＮＣＥＡＮＤＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹＯＦＣＨＩＮＡＵＮＩＴＹＯＦＥＬＩＶＥＲＳ＊硕±学位论文ＭＡＳＴＥＲＴＨＥＳＩＳｔ论文題目茸毛偃麦草１Ｓ染色体上重复序列分析＇与特异分子标记开发学科专业生物化学与分子生物学学号２０１２２１０９０３０７：．＿＿戴刚作者姓名指导教师杨足君教授ｌｋ３－独剑性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工。作及取得的研究成

2、果据我所知，除了文中特别加１＾标注和致谢的地方外，也不包含，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果为获得电子科技大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我＾同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。？作者签名：教如曰期：ｏＷＪ：年／月日论文使用授权本学位论文作者完全了解电子科技大学有关保留、使用学位论文的规定，有权保留并向国家有关部口或机构送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅。本人授权电子科技大学可１＾将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可采用影印

3、、缩印或巧描等复制手段保存、汇编学位论文。（保密的学位论文在解密后应遵守此规定）作者签名：古成导师签名：；日期：月ａｌｌ曰ｏＷＪ年／分类号密级注1UDC学位论文茸毛偃麦草1St染色体上重复序列分析与特异分子标记开发（题名和副题名）戴刚（作者姓名）指导教师杨足君教授电子科技大学成都（姓名、职称、单位名称）申请学位级别硕士学科专业生物化学与分子生物学提交论文日期2015.03.30论文答辩日期2015.05.27学位授予单位和日期电子科技大学2015年6月日答辩委员会主席评阅人注1：注明《国际十进分类法UDC》的类号。Theanalysi

4、sofrepeatsequencesanddevelopmentofspecificmolecularmarkersforchromosome1StofThinopyrumintermediumssp.trichophorumAMasterThesisSubmittedtoUniversityofElectronicScienceandTechnologyofChinaMajor:BiochemistryandMolecularBiologyAuthor:GangDaiAdvisor:Prof.ZujunYangSchool:SchoolofLifeSci

5、enceandTechnology摘要摘要中间偃麦草（Thinopyrumintermedium,2n=6x=42,JJJsJsStSt）是小麦十分重要的野生近缘物种，属于小麦的三级基因库，具有非常多的优良基因，其适应环境以及繁殖能力都很强，是小麦品质改良过程十分重要的供体。茸毛偃麦草（Thinopyrumintermediumssp.Trichophorum）是中间偃麦草的一个新亚种。与中间偃麦草相比，它的不同之处在于不仅其穗部和叶片上都覆盖有茸毛，而且染色体上的异染色质条带也有着十分明显的差异。但是和中间偃麦草一样，茸毛偃麦草也免疫小麦三锈，另外它还对

6、赤霉病表现为高抗。本研究通过分析茸毛偃麦草1St染色体上的串联重复序列，获知了该条染色体上串联重复序列的基本组成以及分布特征，并通过SLAF-seq技术开发得到了一些茸毛偃麦草1St染色体特异分子标记。本研究的具体内容和研究结果如下：1利用开放软件和自编程序对茸毛偃麦草1St染色体上的微卫星和小卫星序列进行了查找、统计和分析，发现该染色体基因组中包含1,390个微卫星和435个小卫星。2在微卫星中，发现重复数目最多的重复类型是二碱基重复，其次是三碱基重复，然后是单碱基重复，再往后依次是四碱基重复、五碱基重复和六碱基重复。在单碱基重复类型中，重复拷贝类型为A

7、的重复数目最多；二碱基重复类型中，AT的重复数目最多，其次是AC和AG；三碱基重复类型中，以AAT为重复拷贝类型的重复数目最多。在重复序列的数目频率分布上，二碱基重复类型的重复序列数目近似为正态分布。3在小卫星中，主要的重复类型是三碱基重复和四碱基重复，占九成的比例。重复数目最多的重复类型是十四碱基重复，小卫星都是富含A/T的重复序列。小卫星的重复单位长度分布界限为7-36，集中分布在7-25之间。随着重复单位长度的增加，由对应的重复序列数目大致上呈递减的趋势。4基于SLAF-seq技术，获得了359个茸毛偃麦草1St染色体特异SLAF片段，随机选择114

8、个特异片段，通过引物设计，聚合酶链式反应扩增以及非变性聚丙烯酰胺凝