獭兔青紫蓝毛色候选基因筛选的初步研究

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1、１‘分类号学／、１乂１２７７３Ｉ０Ｃ密级＾＾４叫义聲祖ＪＹＡＮＧＺＨＯＵＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ硕击学位冷文（专业型）撇兔青紫蓝毛色候选基因筛选的初步研究施丽娟００９生教授，扬州大学，江苏扬州，２２５指导教师姓名：吴信硕去（养殖）申请学位级别：学科专业名称：农业推广＿２０１５５２３曰论文提交日期：２０１５年５月论文答辩日期：年月学位授予单位；扬州欠学学位授予日期；２０１５年６月３０曰答辩委员会主席：吴杰研究貢２０１５年６月国家兔产业技术体系专项ＣＡＲＳ－４４

2、－１）（资助Ｓｕｐｐｏｒｔｅｄｂｙ也ｅｅａｒｍａｒｋｅｄ扣ｎｄｆｏｒＣｈｉｎａＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ－－ＲｅｓｅａｒｃｈＳｓｔｅｍＧｒａｎｔｎｏ．ＣＡＲＳ４４１ｙ（）Ｉ撕兔青紫蓝毛色候选基因筛选的初步研究中文摘要懒兔是著名的皮用兔品种，其皮板光滑细初、质地轻柔，保温性能好，円晒不诞色，一且耐久性显著高于普通兔皮，因此倍受消费者的喜爱。动物的毛色是种最直观的、可一遗传的表型特征，也是区分动物品种的个重要依据，。动物的毛色主要由遗传因素决定也受到外界环境和饲养条件的影响。本试验通过转

3、录组技术比较黑色懒兔和青紫蓝色懒，兔，Ｗ及白色懒兔和青紫蓝色懒兔背部皮肤组织样中基因的表达差异利用实时巧光定量ＰＣ民技术验证转录组结果，并筛选出与懒兔毛色形成相关的差异候选基因进行多签性ＴＡ克隆一一，步研究提供些参考分析和测序Ｗ期为懒兔毛色遗传机制的进。本试验的主要结果如下：１．利用转录沮测序技术分析王只被毛颜色不同的全同胞懒兔（分别为黑色Ｂ、青紫蓝色Ｃ和白色Ｗ）背部皮肤组织样的基因表达情况，将青紫蓝色样本Ｃ设为对照组，黑色样本Ｂ、白色样本Ｗ分别与其对比，差异表达倍数在２倍及Ｗ上且ＦＤ民《化００１的基因分

4、别为１８０９和４６０个，共有的差异表达基因为２５７个。通过实时巧光定量ＰＣ民技术对巧Ｗ八Ｏｃａ２、Ｏｃｆ、筑ｃ２始５、沉和公Ｃ口这６个基因在组织样中的表达量进行检测，验证转录组结果，结果表明转录组的结果相对可靠。结合生物信息学分析和相关一八？、、０＂、、的文献资料，筛选出些与毛色相关的差异基因，如砂Ｗ化ａ２况ｃ２伯Ｊ筑パ一ｃ７ｆｌ、公Ｃ口等，可ｔｉＪ■为毛色形成机制的研究提供定的参考。转录组测序预测的可变ＳＮＰ一ｓ，剪接和，可Ｗ通过进步的研究探讨它们和毛色形成的关系。－、４２蓝色嫩兔为试验对象２．ＰＣ民ＳＳＣＰ１

5、，针对Ｔｒ采用，Ｗ８０只白色懒兔０只青紫ｙ基因的５个外显子设计特异性引物，检测懒兔该基因编码序列的多态性，结果发现，Ｔｙｒ化一＞基因外显子２在６２ｂｐ（整个基因ＣＤＳ的８８Ｐ）处有个ＡＧ的有义突变，使得原来的谷氨酸突变成了甘氨酸（ＧＡＧ＞ＧＧＧ），Ｔｙｒ基因外显子３在８２ｂｐ（整个基因ＣＤＳ的一＞Ｃ＞ＡＣＧ１１１８ｂｐ）处有个Ａ的有义突变，使得原來的赖氨酸突变成了苏氨酸（ＡＡＧ）。对野生型和两个突变型进行蛋白质结构功能的预测，结果发现，Ａ８８１Ｇ突变并未改变一ＴＹＲＡＮ－１１１ＴＹＲ蛋白增加了蛋白的结构和功

6、能，８Ｃ突变使得个糖基化位点。两个一ＴＹＲ突变虽然都使得ＴＹＲ蛋白二级结构和Ｈ级结构的参数有些变化，但并没有改变蛋白的二级和Ｈ级结构。因此推测，这两个位点的突变，虽然改变了ＴＹ民蛋白的氨基酸组成，但并不是影响ＴＹＲ蛋白结构和功能的关键氨基酸位点。３－ｌ．采用ＰＣＲＳＳＣＰ，Ｗ１８０只白色懒兔、４２０只青紫蓝色懒兔为试验对象，针对Ｔｙｒｐ基因的７个外显子设计特异性引物，ｌ，检测懒兔该基因编码序列的多态性结果发现，ＴｙｒｐＩＩ一＞Ｔ基因外显子２在２９ｂｐ（整个基因ＣＤＳ的４８３咕）处有个Ｃ的同义突变，碱基的

7、突变并没有造成氨基酸的改变（ＡＵＯＡＵＴ，异亮氨酸）。利用ＴＡ克隆技术，对青紫蓝色嫩兔Ｔｙｒｐｌ基因的６个内含子进行克隆测序分析，发现Ｔｙｒｐｌ基因内含子中存在５３个突变位点，其突变较外显子丰富，这些突变是否会对Ｔｙｉｐｌ基因的表达及其功能产生一影响，还有待进步的研究。：ｒｒｌ基因关键词青紫蓝色懒兔；毛色候选基因；转录组测序；Ｔｙ基因；Ｔｙｐ；ＳＮＰｓＩｌｌ化ｅｌｉｍｉｎａｒｙＳｔｕｄｙｏｆＧｅｎｅｓＲｅｌａｔｅｄ化ＦｕｒＣｏｌｏｒｉｎＣｈｉｎｃｈｉｌｌａＲｅｘＲａｂｂｉｔＡｂｓ

8、化ａｃｔ民ｅｘｒａｂｂｉｔｗａｓｓｆｏｒｉｔｓｓｍｏｏ－ｆａｍｏｕｔ：ｈｓｏｆｔｋｅｅｉｎｗａｒｍｎｏｎｆａｄｉｎａｎｄｄｕｒａｅｆｕｒ．，，ｂｌ，ｐ呂ｇＴｈｕｓｈａｄｌ