杂交盘羊尾部抑制性消减文库的构建与转录组初步分析

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1、分类号：密级：学号：2013408001单位代码：10759石河子大学硕士学位论文杂交盘羊尾部抑制性消减文库的构建与转录组初步分析学位申请人张烨华指导教师周平研究员王立民副研究员申请学位类别专业硕士专业名称农业推广硕士研究领域养殖所在学院动物科技学院中国·新疆·石河子2015年6月杂交盘羊尾部抑制性消减文库的构建和转录组初步分析ConstructionoftheSuppressionSubtractiveHybridizationLibraryofHybridargalitailandpreliminaryanalysi

2、softhetranscriptomeADissertationSubmittedtoShiheziUniversityInPartialFulfillmentoftheRequirementsfortheDegreeofMasterofAgricultureByZhangyehua(agriculturalextension)DissertationSupervisor:ResearcherZhoupingassociateresearcherWangliminJune,2015杂交盘羊尾部抑制性消减文库的构建和转录组

3、初步分析本研究项目资助国家科技部863计划新疆野生盘羊资源的保护与利用关键技术研究项目编号：SS2012AA021302兵团科技局种质资源创新项目新疆濒临羊类资源保护与人工繁育技术研究项目编号：2012BB042科技部国家自然科学基金盘羊与绵羊杂交后代55条染色体分离规律及机制初探项目编号：31260281杂交盘羊尾部抑制性消减文库的构建和转录组初步分析杂交盘羊尾部抑制性消减文库的构建和转录组初步分析摘要绵羊生产中一直有为羔羊断尾的工作，不仅增加了工作量而且操作不当会使羔羊死亡，本实验室羊场有含75%血盘羊，其尾部短小，

4、无需断尾。为探讨盘羊小尾形成的分子机制，本研究以含25%血杂交盘羊和含75%血杂交盘羊尾部组织为研究对象，采用抑制性消减杂交技术（SSH）和高通量转录组测序技术，建立抑制性消减杂交数据库与转录组差异表达数据库，以期找到与尾部发育相关的功能基因，为培育小尾羊新品种奠定基础。抑制性消减杂交实验以含25%血盘羊尾部组织为实验组，以含75%血盘羊尾部组织为对照组，构建正、反向消减杂交文库，在正、反向文库中各挑选200个阳性克隆送去公司测序，发现正向文库中测序成功129个，反向文库中测序成功109个。正向文库内随机选取了44个差异

5、基因，反向随机取了15个差异基因。结果正向文库中FN1和LGALS3和反向文库中TBX2与TBX18可能与骨骼发育有关。高通量转录组测序实验通过Hiseq2000平台完成，测序结果通过NR基因功能注释、GO功能分类分析和KEGG通路富集分析，结果表明25%血和75%血杂交盘羊尾部组织Unigene分别为133,542个和136,318个；GO功能分类注释到生物过程的Unigene有195,878个、分子功能相关Unigene为45,376个和细胞成分相关Unigene有26,200个；KEGG通路富集分析得到所有基因通路

6、注释36,503个，其中差异基因通路注释有4,807个。25%血与75%血杂交盘羊的差异表达基因共有8,515个，其中以75%血为参照，上调基因3,474个，下调基因5,041个。上调最显著的三个基因是TPM3（78.1979）、MYH1（57.2913）和TNNT1（34.8466），下调幅度最大基因是MHC（-15.3141）、RNASET2（-14.3305）和KRTAP10-8（-13.9062）。在转录测序中还发现了T-box家族基因(TBX2、TBX3、TBX15、TBX18和TBX19)，其中TBX3、TB

7、X15和TBX18是关于骨骼生长发育，很有可能在小尾形成机制中起关键作用。最终我们选定TBX18和TBX15作为绵羊小尾性状的候选基因。关键词：抑制性消减杂交；转录组；杂交盘羊；尾部组织论文类型：B（应用研究）I杂交盘羊尾部抑制性消减文库的构建和转录组初步分析AbstractInsheepindustriesthelamb’stailneedtocutbyworkers.Notonlyincreasetheworkloadandimproperoperationwillmakethelambdied.Oursheepfa

8、rmhas75%hybridargalisheep,itstailisshort.Inordertoinvestigatetheshorttailformationmechanismofargalisheep,suppressionsubtractivehybridization(SSH)andRNA-Seqtech