基于rna-seq技术对皖南花猪和大约克猪背最长肌差异基因的筛选

《基于rna-seq技术对皖南花猪和大约克猪背最长肌差异基因的筛选》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、分类号：０９５５单位代码０３６４：１密级：学号：１２７２０２２９签傲來必义ｆ学位论文基于ＲＮＡ－ｓｅｑ技术对瞭南花猪和大约克猪背最长肌差异基因的筛迭ＳｃｒｅｅｎｉｎｏｆｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｅｘｒｅｓｓｅｄｅｎｅｓｉｎｔｈｅｌｏｎｉｓｓｉｍｕｓｇｙｐｇｇｄｏｒｓｉｍｕｓｃｌｅｓｏｆｔｈｅＷａｎｎａｎｈｕａｉａｎｄｔｈｅＹｏｒｋｓｈｉｒｅｉｐｇｐｇｂａｓｅｄ－ｏｎＲＮＡｓｅｔｅｃｈｎｏｌｏｑｇｙ研究生：李

2、小余指导教师：周杰教授合作指导教师：王重龙副研究员申请学位：ｉ］类级另。农学硕±专业名称：基础兽戾学研究方向：动物生理生化所在学院：动物科技学院答辩委员会主席２０１５年６月AnhuiAgriculturalUniversityScreeningofdifferentiallyexpressedgenesinthelongissimusdorsimusclesoftheWannanhuapigandtheYork

3、shirepigbasedonRNA-seqtechnologyGranduate：LiXiaojinAdvisorProfessor：ZhouJieCooperationAdvisorProfessor：WangChonglongAcademicDegreeAppliedFor：MasterofAgricultureMajor：BasicVeterinaryScienceResearchDirection：AnimalPhysiologyandBiochemistryInstitute：Col

4、legeofAnimalScience&TechnologyJUNE2015II本课题由以下项目资助国家自然科学基金项目(31371258)安徽省国际科技合作计划项目(1503062014)安徽省农业科学院科技创新团队建设项目（13C0405）IIIIV摘要中外猪种在生长速度和肉质性状方面存在很大差异，国外猪种如大约克猪具有生长速度快、饲料利用率高、瘦肉率高的优点，缺点是肉质差，适应性差；中国地方品种猪如皖南花猪具有适应性强、耐粗饲、肉质好的优点，缺点是生长速度慢、瘦肉率低。本试验以皖南花猪和大

5、约克猪的背最长肌为研究对象，探索不同品种猪肉质性状产生差异的分子机制。采用高通量转录组测序(RNA-seq)技术筛选出皖南花猪和大约克猪背最长肌组织差异表达基因；利用DAVID数据库对差异基因进行GO功能注释和pathway通路分析；利用荧光定量PCR方法对筛选到的12个差异基因进行验证。本研究的主要结果如下：(1)RNA-seq测序结果显示，皖南花猪3个样本得到的总Reads数分别为65584126，64327738和59244502，其中Cleanreads达到94.4%、94.3%和94.

6、2%。大约克猪3个样本得到的总reads数分别为57969134，68254168和72298142，其中Cleanreads达到93.8%、93.7%和93.8%。表明测序饱和度良好，测序数据真实可靠。(2)对测序数据进行分析，筛选到347个差异基因，其中94个为上调基因，253个为下调基因。(3)GO功能富集得到分类条目有487个。其中细胞组分相关的差异基因数量为62个,所占比例为12.7%；分子功能相关的差异基因数量为116个，所占比例为23.9%；生物过程相关的差异基因数量为309个，所

7、占比例为63.4%。GO分析表明在皖南花猪和大约克猪背最长肌中上调表达的差异基因主要显著性富集在葡萄糖代谢过程、糖酵解、肌肉收缩过程以及肌肉器官发育过程等；在皖南花猪和大约克猪背最长肌中下调表达的差异基因主要显著性富集在肌肉收缩、肌原纤维蛋白、细胞骨架蛋白结合、脂肪酸代谢过程、脂质代谢过程、线粒体基质、ATP代谢过程等。(4)KEGG数据库注释的差异表达基因有6620个，Pathway显著性富集分析发现这些基因参与了146条生物学代谢通路，其中有22条存在显著性富集(P<0.01)。参与脂肪代谢

8、途径的差异基因数目最多(37个)，主要包括脂肪酸代谢、PPAR信号通路、丙酸代谢、脂肪酸生物合成、脂肪细胞因子信号转导通路、脂肪酸伸长率和不饱和脂肪酸生物合成等信号通路。(5)从筛选出的与肉质性状有关的差异基因中随机挑选12个差异表达基因，其中上调基因为SLC37A4、GPI、AK1；下调基因为FABP3、CAST、AMPD3、CSRP3、PDK4、PFKL、PRKG1、CPT1B、以及ACTN2。通过qRT-PCR试验进行验证，结果表明qRT-PCR试验验证的差异基因其表达水平与RNA-seq